1968年7月,肯尼迪的弟弟总统竞选人罗伯特·肯尼迪被暗杀,杰奎琳认为肯尼迪家族已经成为暗杀的目标,为了保护儿女,她决定离开美国,她于1968年10月20日嫁给了希腊船王亚里士多德·奥纳西斯,奥纳西斯有足够的金钱和势力可以保护她。为此奥纳西斯离开了他的情人歌剧演员玛利亚·卡拉斯,杰奎琳失去了美国当局对她进行保护的特权。
虽然他们结婚了,但婚后两人很少在一起,奥纳西斯和杰奎琳的儿女相处很融洽,但杰奎琳和奥纳西斯的女儿不和,因此她经常外出旅游和购物。1975年3月15日奥纳西斯临去世前填了一张离婚书,当时杰奎琳和她的孩子们正在纽约。根据婚前协议杰奎琳没有能得到奥纳西斯的遗产。他的女儿用3千5百万美元换取杰奎琳放弃全部遗产的声明。
此后杰奎琳一直生活在纽约,担任双日出版社(Doubleday and Company) 编辑,和一位比利时裔的已婚钻石商人和企业家同居。20世纪60年代曾领导反对拆除纽约中央火车站,80年代领导反对在中央公园附近建设摩天大楼。
1994年她被诊断出患有淋巴腺癌,5月19日晚上23:15她在第五大道的公寓中去世,享寿64岁。