蒋介石率国民党在1949年退守台湾后，为了稳固政权、防止中共渗透与内部异议，先后发动了几次较大规模的清洗与政治镇压，史称 “白色恐怖” 时期。这些清洗主要针对共产党嫌疑分子、地方派系、知识分子与军政体系中的异己。大致可分为以下几个阶段：
1. 初期“肃清匪谍”运动（1949–1950年代初）
-
背景：1949年国府撤退台湾时，岛上已有部分中共地下组织活动；国民党军政高层担心台湾成为“第二个失陷的大陆”。
-
做法：蒋介石下令台湾省保安司令部、军法单位大规模搜捕“共匪”、“匪谍”，军队和宪警到处设岗盘查。
-
特点：凡与左翼、社运、学生运动有关，或仅仅因思想、书籍、交友而被怀疑者，都可能被捕。
-
知名案件：
-
“基隆中学案”、“台湾省立师范学院案”（大量学生被捕、枪决或长期囚禁）
-
雷震、殷海光等知识分子受到压制
-
2. “戡乱时期临时条款”下的长期清洗（1950s–1960s）
-
法律工具：1949年5月10日颁布《戒严令》，再加上“戡乱时期临时条款”，赋予蒋介石超宪法的权力。
-
内容：
-
严格限制出版、结社、言论自由
-
国民党一党专政体制全面确立
-
军情局、保安司令部持续监控知识界、军界、地方势力
-
-
特点：不仅肃清共产党，也打击本土精英、台籍政治力量，防止形成对中央的挑战。
3. 军中与党内清洗（1950s–1970s）
-
军中整肃：蒋介石担心军队中有“潜在兵变”或地方势力，定期通过情报系统侦办军官（如“郭国基案”），处决或流放许多将领。
-
党内整肃：国民党内部如有不同声音，往往以“通匪”、“不忠”罪名遭排挤或镇压。
-
结果：党国体制高度集中，军队绝对忠于“领袖”。
4. 知识分子与社会运动清洗（1960s–1970s）
-
学界：自由主义学者与《自由中国》杂志（雷震、胡适支持）在1960年被查封，雷震被捕，象征自由派知识分子受压制。
-
社会：工会、学生运动、地方自治运动都受到情治机关渗透与打压。
-
效果：台湾社会进入高度压抑与自我审查氛围。
5. 1970s–1980s的延续与转折
-
延续：蒋经国接班前期仍维持监控与压制，例如1979年的“美丽岛事件”，进一步打压民主运动人士。
-
转折：1980年代，国际环境与内部压力使得蒋经国逐步松绑，最后在1987年宣布解除长达38年的戒严，白色恐怖时期才真正结束。
主要集中在 1949–1950年代的“匪谍肃清” 和 后续数十年的党国体制整肃。这些行动的实质，是为了 消灭共产党势力、压制本土菁英、稳固国民党威权统治。结果是造成数万到十几万人被捕、审判或处决，台湾社会长期处于白色恐怖之下。
