1950年12月,圣约翰大学正式宣布与美国圣公会脱离关系。1952年在全国高校院系调整中,当时中共政府的教育政策是模仿苏联,大量削减综合性大学,改办专门学院,原有教会学校多数被拆分,圣约翰大学硬體設施也被拆散并入上海多所高校,按照并入院系数量排序,依次是华东师范大学、复旦大学、同济大学、上海财政经济学院、华东政法学院、上海第二医学院。[4]其中文、理学院主要并入华东师范大学和复旦大学,圣约翰医学院与震旦大学医学院、同德医学院合并成立上海第二医学院(后改名为上海第二医科大学,2005年改为上海交通大学医学院)。