结肠镜中结肠穿孔的发生率大约是千分之一（所有结肠镜检查）。健康人普查结肠镜的穿孔危险要远低于病人的诊断性结肠镜检查。

穿孔的危险主要有：年龄；结肠病史，比如溃疡性结肠炎，各种原因引起的结肠扩张，结肠癌，结肠切除后的结肠镜复查等等；活检，需要活检时穿孔的危险明显高于不需活检的结肠镜检查；病人不配合，或麻醉深度不够，术中特别是活检时病人突然大幅度活动；医生经验不足。

穿孔的方式：结肠镜直接穿透肠壁或肠壁的薄弱部位；术中?结肠充气时，肠内压力升高导致穿孔，很少见；活检钳穿孔；活检取材太深。

诊断：术中已知的穿孔；术中没有意识到的穿孔，术后因并发症而诊断的穿孔，并发症比如出血，气腹，腹膜炎急腹症?；延期发生的穿孔，当时未穿孔但因肠壁组织损伤缺血导致坏死而延期发生的穿孔。

治疗：主要是手术治疗，修补或切除部分结肠，有时需要结肠造瘘。已知的穿孔一般马上叫普外，直接进手术室。书中未发现的要看具体情况了，有的在开腹探查时才发现。再有就是抗感染。

预后：当时和早期发现的预后较好，有合并症的要看具体情况了。