俺唯一的解释是，伤口内有存留的异物，造成慢性炎症和肉芽组织增生。。。

不过，这是根据外科原则的推理，还是请专科的牙医回答你。拔牙后，为限制出血，通常会在伤口处压入一块纱布，去除纱布后，可能会残留一点棉絮物，如果是此，伤口将长久发炎和产生肉芽组织。