黄连阿胶汤的确在一些时候可以用来治疗口腔溃疡。
但是里面直接起效的东西是黄连和芍药，阿胶作用的病位在小腹，黄连和芍药在腹部，黄芩在胸腹部，蛋黄主要起到的是一个保护作用。口腔溃疡发生的直接原因是口腔部分黏膜的张力过高，在吃饭说话等作用下，黏膜经不住动作的拉扯形成溃疡点。病人在这里最大的一个问题是口腔黏膜和咽喉部是脱节的，而咽喉部的黏膜和肠道的黏膜也是不连贯的。这个药方可以通过小腹放，胸腹收的方式，让口腔、咽喉和肠道黏膜尽量连贯来达到治病的目的。
所以这个药，一旦起效，就不宜继续服用了，因为大剂量的黄连会损伤胃粘膜。
就单独一味阿胶，只会在小腹起作用，让小腹筋膜得到缓慢松解，这种变化是不太可能直接影响到口腔黏膜的，而且这种变化可以让腹部筋膜更加松软，可能导致血液循环过度改善，出现上火的症状。
