mRNA进入细胞的效率并不高，不是所有的细胞都能摄入mRNA的，即使有脂质粒包着，也只有一些细胞可以摄入，其中大多数是能清除异物的免疫或者炎症细胞，譬如树突状细胞和巨噬细胞，这些主要在注射部位及周边进行，进入血液的mRNA也会被血液中的免疫细胞摄取一部分，主要被免疫或者炎症细胞，这些细胞就像边防卫士一样，是体内捕捉和处理异物的主要细胞，脂质粒包着的mRNA在人体就是一种异物，一部分被它们摄取，剩下的主要被人体的废物异物处理站即肝脏摄取，在那里被当废物异物处理掉。
进入细胞后，mRNA在内体内被释放出来，进入细胞浆，然后借用细胞的蛋白合成装置合成刺突蛋白，完了马上被清除掉，而刺突蛋白是不会大量输出到细胞外的，这是因为蛋白从内到外一般是要有转运引导信号，刺突蛋白似乎没有这个。即使有一部分会经过某种途径溢出，也会马上被血液和组织液给稀释掉了，其量之微，根本不可能达到改变心脏或其它组织细胞功能的浓度，一些人用来做体外细胞培养试验基本上是在体内达不到的浓度下进行的。
真正有用的是在树突细胞等抗原提呈细胞里的那一部分，在那里，它会被当成抗原处理，然后被运到细胞膜上提呈给T或者B细胞，刺激它们产生细胞（T细胞）或者体液（抗体）免疫。就算在膜上，被提呈部分也不是完整的刺突蛋白，已经没有刺突蛋白的功能了，也就是说它们不可能和相应的受体结合，因而也不会引起相应的副作用。
