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1972年到1973年，青蒿素研究捷报频传。
屠呦呦公开了自己的发现后不久，中医研究所“523”项目小组从青蒿乙醚提取物中，获得了定名为“青蒿素Ⅱ”的白色的针状结晶。不过，这种结晶在临床前的动物毒性实验中表现出了心脏毒性。
是否执行原方针，尽快拿到现场进行临床试用观察？屠呦呦选择了富有当时特色的解决方式，“由屠呦呦带头共3人，经领导审批，住进中医学院附属东直门医院……”他们亲口试服了“青蒿素Ⅱ”。
试服的结果显示，“青蒿素Ⅱ”没有毒性，但后来在临床上的表现却不那么令人满意：“效果不好，又出现了较明显心脏毒副作用”。（后查明是片剂崩解度问题，即有效物质从片剂架构中溶解出来的速度问题，改用青蒿素Ⅱ原粉胶囊，证实有效。）
而几乎就在同时，山东省寄生虫病研究所借鉴屠呦呦的研究成果和实验方法，用乙醚从当地的黄花蒿中提取出有效单体。这种物质的临床试验没有毒性，且对疟原虫具有强效的杀灭功能，被命名为“黄花蒿素”。
云南省药物研究所则在会后专程赴京，到中药研究所取经。回到云南后，该所研究员罗泽渊利用石油醚、乙醚、醋酸乙醚、甲醇4种有机溶剂进行了提取实验。她的提取对象是黄花蒿大头变型，简称“大头黄花蒿”。
云南省药物研究所把他们获得的有效单体命名为“黄蒿素”。就在这种晶体被提取出来时，负责“523任务”临床试验的李国桥小组恰好在云南疫区开展调查研究。原本调查任务已经收尾，准备撤离。但一听说有了“黄蒿素”，李国桥当即决定，不走了，马上开展临床试验。
“黄蒿素”的临床试验结果出人意料地好，药效几乎“立竿见影”：恶性疟疾病人服药6小时后，疟原虫开始减少，16小时后，90%疟原虫被杀灭，20小时杀灭率在95%以上。
三家科研单位制出了三个抗疟晶体，中草药抗疟疾研究向前迈进了一大步的同时，却也为此后旷日持久的争论埋下伏笔。
“青蒿素Ⅱ”、“黄花蒿素”、“黄蒿素”，虽然在1974年已经认定为相同物质，但行业内至今仍有不同看法。争论的焦点就在不同的名字上，牵扯的矛盾错综复杂。
在植物学范畴里，青蒿和黄花蒿是同属菊科的两种植物，此后定名的青蒿素其实存在于黄花蒿中，青蒿中反倒没有。而在中医药领域，青蒿和黄花蒿却被统称为青蒿。
中药研究所提取“青蒿素Ⅱ”晶体并将其命名为青蒿素时间最早，但云南省药物研究所改进了提取方法，采用“溶剂汽油法”大幅提高了提取效率，并且确定了优质黄花蒿产地，“523任务”后续进行的动物药理毒性试验和临床试验研究，用的其实都是“黄蒿素”。
青蒿素命名的“青黄之争”，成了一场纠缠不清的“文字官司”。直到1978年，“523”项目科研成果鉴定会上，按中药用药习惯，将中药青蒿抗疟成分定名为青蒿素。
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从药材筛选、有效成分提炼、临床实验、结晶获取、结构分析、人工合成直至新药研发，青蒿素的发现发明过程犹如众多科研人员环环相扣的接力赛，每一棒都功不可没。
美国拉斯克奖将青蒿素列为“20世纪后半叶最伟大的医药学创举”，奖杯颁给了青蒿素的第一个发现者屠呦呦。这也是所有参与“523任务”的科研工作者的荣誉。
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