祝由治病是传统医学的组成部分，早在《黄帝内经》中就有祝由十三科的治病方法。在《移精变气篇》里有这样的记载:“黄帝问曰：余闻古之治病，惟其移精变气可祝由而已，今世治病，毒药治其内，针石治其外，或愈或不愈，何也？歧伯对曰：往古人居禽兽之间，动作以避寒，阴居以避暑，内无眷慕之累，外无伸官之形……故毒药不能治其内，针石不能治其外，故可移精祝由而已。” 在孫思邈《千金翼方》卷二九〈禁經上〉也记载着：“醫方千卷，未盡其性，故有湯藥焉、有針灸焉、有禁咒焉、有符印焉、有導引焉。” 可见古代中医祝由是一种不可缺少的医疗方法。
从隋代开始，祝由被纳入官方医学范畴；唐代更是在医署设立“咒禁科”主管禁咒，除邪魅之法；随后的宋元明三朝更是得到很大的发展，可惜清兵入关后，满族信仰萨玛教，清太医院废除祝由科一职，基于这种历史原因，祝由治病一直只在民间秘密流传，被极少数人掌握应用。
从现代人事事讲究科学的观点来看，因祝由涉嫌“符咒”，难免被笼上了某种神秘色彩，尤其是《宋淳熙秘藏善本祝由十三科 手抄本》篇首的“太上戒语”规定的“五不治”，即：“不诚不敬者不治，毁谤天医者不治、疑信不决者不治、重财轻命者不治、符咒不合不全者不治”等。因此，被人视为异瑞邪行，斥之为迷信。实际祝由十三科乃是古代人民在未能“详乎脉理、深原五行、详察五脏”的情况下，“贫不能参苓”而将天象运转，地脉俯和，神归气伏，返还太极，纳气功于图形（符咒）字样（符字）之中，运气干笺，运气于口舌，或噀水或布气以畅发真阳、驱病疗疾。
祝由有一种信息物质的存在，有穿透性。祝由各有门派，一般都是咒语，古言符号，真言同用，符是符号语言，咒是语言符号，互依互存，相得益彰。祝由的特性和功效是多方面的，利用祝由可传递、接收、凝集、储存宇宙信息为自身和他人治病。而且施术者、患者皆敛心神，息杂念，做到相互神气交流，移气于纸，移气于墨，移气于水，木者元气动极，患者引之而归。《性命圭旨》曾写到：“心定而能慧；心寂而能感；心空而能灵；心诚而能明；心虚而能觉”，心地清静，天人感应、祖师天赐照灵，威力更大。祝由治病简单，方便，快速，不消耗自身精气，以发挥宇宙信息应有的能量，对治疗疑难怪病有不可思议的功效。
古曰：“法中之要，非传于符，非泥于咒，先以我之正气，合将之灵，但居二斗之中，定光之内，吾以神气相贯，合将为将，由万病具消，万邪宾服。”这就是祝由的最好释义。祝由十三科是中华医学的重要组成部分，应该被重视，被研究、被推广。
古曰：“法中之要，非传于符，非泥于咒，先以我之正气，合将之灵，但居二斗之中，定光之内，吾以神气相贯，合将为将，由万病具消，万邪宾服。”这就是祝由的最好释义。祝由十三科是中华医学的重要组成部分，应该被重视，被研究、被推广。
