粗看了一下，说一说想法

你们这个部门，看起来是传统的职能部门结构，办事直上直下。现在因为种种原因你的直接老板被绕过，你感觉对他不公，怕因此得罪小老板。

其实，你的小老板的命运，并不取决于你，而是取决于大老板。既然你们部门是烂摊子，那小老板也有不可推卸的责任。你所要做的，就是公事公办，不要参杂感情因素。（学学温家宝当赵紫阳中办主任时怎么做的）

在公司里，如果要越过正常的工作汇报关系，最好的办法就是把要做的麻烦事，单独名正言顺立项成为一个项目，拉一个项目小组，选定人员，划定要做的事情，要达到的目的。项目小组人员在作项目的时候，各司其责，而且有不同于职能部门的汇报关系。把这一切正式化，由大老板发文宣布。这样你做的一切绕过小老板就名正言顺，他也能理解。职能方面的事，小老板的指示，当然也要照办。

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PMBOK Guide

A Guide to the Project Management Body of Knowledge

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The Organizational Structure