颜宁的反驳为何站不住脚,唯有恼羞成怒?

来源: 润涛阎 2019-05-16 04:44:45 [] [博客] [旧帖] [给我悄悄话] 本文已被阅读: 次 (6466 bytes)
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X光衍射晶体蛋白看的是一个死的状态。而动态机理恰恰是需要知道分子是怎么动的。在膜蛋白领域,破解机理最常用的是用微玻璃管扎细胞膜研究离子通道的机理(而非X光衍射研究死的蛋白质),那微小的细胞膜就留在了微管的里边,如果刚好有一个离子通道在这小块膜上,便可研究其机理。这个拉伸玻璃管研究离子通道的方法得到了1991年的诺贝尔奖。

用生物学方法研究动态机理(不是像DNA双螺旋结构那样不是想知道动态),就是分子怎么动的,就好比找到无菌操作技术,可以打开胸腔,直接看活体的心脏是怎么跳的,同时检测血压、心率。这些才是可靠研究出心脏跳动机理的直接方法,而结晶衍射等于通过木乃伊研究推理心脏是怎么跳的,血是怎么流的。这是没办法的间接办法。

先介绍一下X光衍射为何无法得知动态分子是怎么动的。假如你的照相机可以放大到能看到分子,你把白糖放入水中,糖在水中就不停地运动,你就无法对焦。当你把水熬干,得到结晶的白糖粉块,分子就不动了。这样你就可以聚焦研究白糖的分子了。而载体动态模型,恰恰想知道的是怎么动的,而非静止状态是怎样的。

那为何还有人用X光衍射研究分子的动态机理呢?因为只有找不到方法直接研究活体载体分子的动态机理,才不得不用X光衍射晶体,推理出如果是动的会是怎样。最快最容易的方法是心中有个大概模型,然后去对照衍射斑点。也就是说,当颜宁看到了我的文章,得知葡萄糖载体的动态模型,那是在活体蛋白在细胞膜上得到的结论,她脑子里已经知道动态是怎样的了。即使在DNA衍射晶体的过程中,有人根据衍射斑点猜测到DNA是三螺旋,是沃森猜测到是双螺旋,剩下的人猜测不到是什么结构。所以,沃森的贡献最大。因为斑点刚好就跟他双螺旋结构的猜测对上了。

颜宁的反驳为何站不住脚?因为她拿出跟我机理模型一样的钠泵模型,她的意思是说她是以钠泵的模型作为推理动态模型的,而非靠看到我的论文。她用了葡萄糖分子一起结晶的办法,但那依然是一个静止状态,而非动态,动态是推理出来的。关键在于:看到葡萄糖载体的12个螺旋二级结构,无法跟钠泵的喇叭口模型相提并论,因为钠泵是钠离子属于膜泵membrane pump,葡萄糖家族属于膜载体membrane carrier,她没根据得出膜载体与膜泵是同样的动态机理。我是第一个从活体蛋白确定是喇叭口朝外-朝里变形的动态机理。她没理由不根据已有的葡萄糖载体模型,而去根据钠离子膜泵模型推理葡萄糖载体动态模型(衍射晶体是看不到动态的)。

因为CFTR以前都认为是膜载体,后来在活体蛋白的研究中得出是通道!发表在《细胞》杂志后震惊了膜蛋白领域,因为活体蛋白的直接证据彻底推翻了以前的推理。所以,CFTR看上去可以是膜泵,可以是载体,它最后竟然是通道!是氯离子通道,跟其它离子通道是一类膜蛋白动态机理,而长相上看上去是膜载体而非膜通道。
从任何方面讲,颜宁参照我的论文是最直接的方法,因为都是葡萄糖载体。所以,她得出的结论跟我的一样,也是根据我在活蛋白上得出的结果她推理出结晶后不动的分子结构在动的时候是怎样的,是最合理的解释。

这是她绝不敢告诉审稿人葡萄糖载体的动态机理模型早就被破解的真相发表在《细胞》与《美国科学院院报》上。如果她不隐瞒这一点,任何审稿人都无法接受她跟活体蛋白得出的同样机理的论文发表在顶级杂志。她利用的是杂志和审稿人与投稿人的互信机制,审稿人不会去查对。审稿人应该是在X光晶体衍射领域,在这个领域,没有科学家研究葡萄糖载体。前人是否破解过此机理的说法,需要投稿人负责。审稿人根据投稿人对此研究前人没破解过的定性以确定此稿件价值。已经得到了的模型,再通过衍射证明前人论文,怎么可能发表在顶级杂志。反过来要是先推理出动态模型,再用活体蛋白确认,才算更加深入并证明了靠静态衍射推理出的动态。

当审稿人和杂志社得知这一真相后,他们当即醍醐灌顶!因为她的同行们对她佩服到极端地步,是因为在没有动态模型的条件下,她就凭结晶了不动的蛋白结构衍射斑点推理出来了动态模型,这就太了不起了,想象力太厉害了。而事实上是早就有了在活体蛋白上得出了动态模型的论文发表在顶级杂志而被葡萄糖载体领域接受了。有专业综述承认我论文的“详细动态模型”。这是我一定会给自然杂志写信的原因。他们知道审稿人是在衍射晶体领域,在这个领域,没科学家研究葡萄糖载体蛋白,就相信了颜宁在稿件中所言。你去读她发表的论文前言,如果你是不在葡萄糖载体领域而是X光衍射领域的科学家只靠此稿件的说法,你便会得出她是破解葡萄糖载体动态机理的第一人。

颜宁的最大贡献在于她在膜蛋白结晶、X射线衍射技术改进、利用方面。在X光衍射领域她是顶级大牛,实至名归。

所有跟帖: 

你的解释合理. 那为啥当时不写信澄清呢?现在也来得及 -2017wx- 给 2017wx 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 04:53:42

你这说话就有点文人相轻了。 -trendspike- 给 trendspike 发送悄悄话 (1066 bytes) () 05/16/2019 postreply 05:16:31

s -雨女- 给 雨女 发送悄悄话 雨女 的博客首页 (60 bytes) () 05/16/2019 postreply 05:29:11

希望她别成为斯坦福那个教授.年轻成功应该沉淀一下 -2017wx- 给 2017wx 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 05:33:03

得罪了 但是太不同意你的瞎子摸象 唯有结构一锤定音之说了 生命科学发展到今天 -山丘-- 给 山丘- 发送悄悄话 (627 bytes) () 05/16/2019 postreply 05:52:12

我只是比如。没有结构,突变哪个氨基酸,很多是瞎碰。润涛自己说自己做了455个突变,发表在文章里只有6个 -trendspike- 给 trendspike 发送悄悄话 (74 bytes) () 05/16/2019 postreply 06:05:16

你在胡说八道还没完没了。那6个是阉割掉cys,否则下一步没法突变455个氨基酸。《细胞》杂志的审稿人没你如此愚蠢 -润涛阎- 给 润涛阎 发送悄悄话 润涛阎 的博客首页 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 06:13:18

这个我没自己读你的文章。你的文章,你说了算。 -trendspike- 给 trendspike 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 06:16:06

我只是说的General情况。 -trendspike- 给 trendspike 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 06:24:13

我没贬低瞎子摸象。生物太复杂,看不见全貌,也只能瞎子摸象。你说的没结构发不了文章,显然不对,太多结构文章了。 -trendspike- 给 trendspike 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 06:18:02

仁兄 那是好多年前的状况了吧 各种结构技术出来的时候 蛋白结构太好发文章了 但是现在 真的没有生物学意义的结构很难发文章了 -山丘-- 给 山丘- 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 06:28:07

这种没生物意义的文章,估计好杂志难发表。非同源构象,可能能发表好文章。获得非同源构想越来越难了。 -trendspike- 给 trendspike 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 06:31:10

我也同意 结构主要是个工具手段 用来证实辅助机理研究的。 -trendspike- 给 trendspike 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 06:20:43

Ms. Yan could say these are 大象鼻子,耳朵,牙. it shows 象鼻子是用来吃草的, just -passerby2016- 给 passerby2016 发送悄悄话 (120 bytes) () 05/16/2019 postreply 07:14:27

看看颜宁的反驳就清楚X光衍射领域的反应了 -润涛阎- 给 润涛阎 发送悄悄话 润涛阎 的博客首页 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 05:27:37

你这篇文章最好不要让结构专家看到,否则降低你的可信度。 -trendspike- 给 trendspike 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 05:32:57

你写的这篇科普是根据理论推测的,还是有实例,比如,猪的例子? -wineberry- 给 wineberry 发送悄悄话 (150 bytes) () 05/16/2019 postreply 06:12:00

润涛这篇文章对国内影响蛮大的,国内本来就很多人有处女情结。这篇文章在国内好几个地方转载。 -trendspike- 给 trendspike 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 06:19:18

我完全是外行,我看他写的这篇确实有道理。 -wineberry- 给 wineberry 发送悄悄话 (349 bytes) () 05/16/2019 postreply 06:25:47

我是很好奇前男友遗传信息,如何又传寄给了下一任男人的孩子。 -trendspike- 给 trendspike 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 06:36:15

与其在这儿说服一群打酱油的,不如直播跟nature 杂志的互动。 -world1peace- 给 world1peace 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 06:47:00

这篇2003 年《科学》做GlpT结构文章引用了你老师好几篇文章 -杨别青- 给 杨别青 发送悄悄话 杨别青 的博客首页 (4493 bytes) () 05/16/2019 postreply 07:33:50

这个我知道。我的结论是在葡萄糖载体领域所公认的。还是谢谢您花时间查! -润涛阎- 给 润涛阎 发送悄悄话 润涛阎 的博客首页 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 07:45:44

支持老阎公开上直播 -锦衣卫- 给 锦衣卫 发送悄悄话 锦衣卫 的博客首页 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 07:54:41

可惜颜宁不来wxc, 要不更热闹 -lachisgo- 给 lachisgo 发送悄悄话 lachisgo 的博客首页 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 08:37:00

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