这里有数学高手，问一个实际问题

来源: A-mao 于 2013-02-18 10:55:27 [] [博客] [旧帖] [给我悄悄话] 阅读数 : (613 bytes)
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在研究里作一个protein（A)和RNA（B)结合形成AB。实际操作是B的量不变，A的量从零开始，一直到B的30倍的量。这根曲线是以A作X, AB conplex的量作Y.

 

现在的问题是：因为不知道是一个A结合一个B,还是两个（或四个)A结合一个B。所以，就用best fit的funtion。有两个公式（model)都fit不错：

 

1。用sigmoidal，f= a/(1+exp(-(x-x0)/b))，3 parameter

2。用Hyperbola, f=a*x/(b+x)， 2 Parameter

 

看了一下，3个parameter或2个parameter是指常数（a,b,X0)。现在不懂的是几个parameter是不是等于几个分子（A,B)？

 

谁懂的，请赐教，不胜感激！

所有跟帖： 

• 呼唤龙先生 -用户名被占用了- ♂ 给 用户名被占用了 发送悄悄话 用户名被占用了 的博客首页 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 10:59:59

• 分子我不懂 -Sir。Long- ♂ 给 Sir。Long 发送悄悄话 Sir。Long 的博客首页 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 11:58:47

• 第一句话就有一大半术语不懂：（（ -柯西- ♂ 给 柯西 发送悄悄话 柯西 的博客首页 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 11:18:03

• 她做一个药理动力学曲线，然后想转成现成的数学公式，结果几个公式都不配合。 -用户名被占用了- ♂ 给 用户名被占用了 发送悄悄话 用户名被占用了 的博客首页 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 11:24:45

• 是两个公式都配合，不知道哪个对。 -老忽叔叔- ♂ 给 老忽叔叔 发送悄悄话 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 11:26:03

• 哦，我中文太差。当然选最简单的公式了 -用户名被占用了- ♂ 给 用户名被占用了 发送悄悄话 用户名被占用了 的博客首页 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 11:28:28

• 也可能两个都不是。 -老忽叔叔- ♂ 给 老忽叔叔 发送悄悄话 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 11:44:29

• 是想看哪个model更合适现有数据。 -A-mao- ♂ 给 A-mao 发送悄悄话 A-mao 的博客首页 (103 bytes) () 02/18/2013 postreply 11:39:01

• I am with you. -Francine- ♀ 给 Francine 发送悄悄话 Francine 的博客首页 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 12:29:35

• Thanks. However, I have trouble to explain.:(. -A-mao- ♂ 给 A-mao 发送悄悄话 A-mao 的博客首页 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 13:21:07

• ；（。我表述不好。：）。 -A-mao- ♂ 给 A-mao 发送悄悄话 A-mao 的博客首页 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 11:37:06

• 这不是数学问题，是生化问题。 -老忽叔叔- ♂ 给 老忽叔叔 发送悄悄话 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 11:21:37

• 是，是一个生化问题。一般老讲，Biophysics的会懂得多一些。 -A-mao- ♂ 给 A-mao 发送悄悄话 A-mao 的博客首页 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 11:35:59

• 这个与Biophysics也没什么关系。是Physical Chemistry。 -老忽叔叔- ♂ 给 老忽叔叔 发送悄悄话 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 11:45:23

• 是。但他们对这个比我们在行。 -A-mao- ♂ 给 A-mao 发送悄悄话 A-mao 的博客首页 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 11:54:51

• not really ... -老忽叔叔- ♂ 给 老忽叔叔 发送悄悄话 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 12:07:37

• 回复：这不是数学问题，是生化问题。 -老忽叔叔- ♂ 给 老忽叔叔 发送悄悄话 (503 bytes) () 02/18/2013 postreply 11:43:58

• 如果是多体结合，各结合位点可能也不一样，需要考虑各种可能species的浓度。 -老忽叔叔- ♂ 给 老忽叔叔 发送悄悄话 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 11:50:15

• 两个model的fit都很不错，R^2都接近0.99。 -A-mao- ♂ 给 A-mao 发送悄悄话 A-mao 的博客首页 (408 bytes) () 02/18/2013 postreply 11:52:02

• 既然你知道Hill Plot，先做一个看看。Cooperative binding和非coorperative 会很不一样。 -老忽叔叔- ♂ 给 老忽叔叔 发送悄悄话 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 12:00:19

• It is not cooperative, even though one experiment data suggested -A-mao- ♂ 给 A-mao 发送悄悄话 A-mao 的博客首页 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 12:04:57

• Hill plot可以告诉你是几个对一个。 -老忽叔叔- ♂ 给 老忽叔叔 发送悄悄话 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 12:06:14

• 好像不能。至少懂的生化教授这么说的。:(. -A-mao- ♂ 给 A-mao 发送悄悄话 A-mao 的博客首页 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 12:08:36

• 不能？？你那个生化教授是不是没学过物化呀？ -老忽叔叔- ♂ 给 老忽叔叔 发送悄悄话 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 12:10:29

• retired, used to teach this, -A-mao- ♂ 给 A-mao 发送悄悄话 A-mao 的博客首页 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 12:20:51

• OK, 试试这个， -老忽叔叔- ♂ 给 老忽叔叔 发送悄悄话 (548 bytes) () 02/18/2013 postreply 12:49:02

• 这是给某人上眼药 (:0|) -路是走出来的- ♀ 给 路是走出来的 发送悄悄话 路是走出来的 的博客首页 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 11:21:44

• 我还是真心求教。我已经问过数学教授，没有确切答案才来问的。 -A-mao- ♂ 给 A-mao 发送悄悄话 A-mao 的博客首页 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 11:40:18

• 找最佳数学模型, 是否应该把你的实验数据和数学模型transfer to -只会做饭- ♀ 给 只会做饭 发送悄悄话 (95 bytes) () 02/18/2013 postreply 11:24:58

• 抱歉，不懂你说的。 -A-mao- ♂ 给 A-mao 发送悄悄话 A-mao 的博客首页 (198 bytes) () 02/18/2013 postreply 11:43:12

• 是指有几个参数，如第二中a and b, a,b and x0(although I think that this shoul -linda2- ♀ 给 linda2 发送悄悄话 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 11:27:59

• x0(although I think that this should be baseline) in the 1st mod -linda2- ♀ 给 linda2 发送悄悄话 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 11:28:56

• 知道是参数。就是想问，参数的多少和分子的多少是不是一回事。 -A-mao- ♂ 给 A-mao 发送悄悄话 A-mao 的博客首页 (166 bytes) () 02/18/2013 postreply 11:46:07

• 你的两个公式都是怎么得出来的？ -老忽叔叔- ♂ 给 老忽叔叔 发送悄悄话 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 11:47:29

• sigmaplot里有无数公式。我们挑可能性最大，最简单的。 -A-mao- ♂ 给 A-mao 发送悄悄话 A-mao 的博客首页 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 11:53:04

• 还是先看看P－chem的公式吧。 -老忽叔叔- ♂ 给 老忽叔叔 发送悄悄话 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 12:02:05

• 阿拉不是biophysicist，但是阿拉觉得 -Francine- ♀ 给 Francine 发送悄悄话 Francine 的博客首页 (315 bytes) () 02/18/2013 postreply 11:57:38

• 她这个不是Enzyme。如果是，更复杂。 -老忽叔叔- ♂ 给 老忽叔叔 发送悄悄话 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 12:01:31

• 知道不是Enzyme，只是说kinetics里涉及到equilibrium,不是结合了就不解体的，和enzyme相似。 -Francine- ♀ 给 Francine 发送悄悄话 Francine 的博客首页 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 12:04:07

• total concentration. Right, it could fall off, tool. -A-mao- ♂ 给 A-mao 发送悄悄话 A-mao 的博客首页 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 12:07:09

• total concentration should not change, monomer concentrations do -老忽叔叔- ♂ 给 老忽叔叔 发送悄悄话 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 12:09:13

• I mean my X is total A's molar concentration when I plot my data -A-mao- ♂ 给 A-mao 发送悄悄话 A-mao 的博客首页 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 12:18:59

• I understand ... -老忽叔叔- ♂ 给 老忽叔叔 发送悄悄话 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 12:49:26

• If you could find physical meaning for a, b, x0/ or a, b, that'd -Rainbowfriend- ♀ 给 Rainbowfriend 发送悄悄话 (1272 bytes) () 02/18/2013 postreply 12:00:44

• 她那两个公式都没有physical meaning，虽然能很好地fit。 -老忽叔叔- ♂ 给 老忽叔叔 发送悄悄话 (38 bytes) () 02/18/2013 postreply 12:04:05

• 你说的这个超出了我的理解范围。：（。但谢谢你！ -A-mao- ♂ 给 A-mao 发送悄悄话 A-mao 的博客首页 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 12:10:05

• 两个公式都配合，选参数少到（2）。见Von Neumann到名言：With four parameters I can fit -燕京十景- ♀ 给 燕京十景 发送悄悄话 (589 bytes) () 02/18/2013 postreply 12:17:29

• :(. I am trying to put more salt for discussion. -A-mao- ♂ 给 A-mao 发送悄悄话 A-mao 的博客首页 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 12:20:22

• 没有确定答案。 -FewWords- ♂ 给 FewWords 发送悄悄话 FewWords 的博客首页 (1196 bytes) () 02/18/2013 postreply 12:32:55

• 谢谢！ -A-mao- ♂ 给 A-mao 发送悄悄话 A-mao 的博客首页 (0 bytes) () 02/18/2013 postreply 13:11:34

• 参数并不能代表分子数（none discrete） -lewinsky- ♂ 给 lewinsky 发送悄悄话 (381 bytes) () 02/18/2013 postreply 15:32:30

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