1904年9月教周树人解剖学,藤野先生只比鲁迅大7岁,帮着鲁迅改笔记,被日本学生嫉妒。
1915年仙台医专被改为东北大学医学部,教员必须是帝国大学毕业的,(1915年被称为帝大的大学 东京帝大,京都帝大,东北帝大,共3所。)藤野先生毕业于爱知县立医学校,该校1939年才成为帝大(名古屋帝大)。所以不得已才离开该校。回家乡福井县三国町开诊所。一直默默无闻,1926年鲁迅的《藤野先生》发表后,也一直沉默,告诉家人三缄其口。日本天皇宣布投降的前4天,在给人看病的途中逝世,71岁。鲁迅死后,日本媒体才找到默默无闻的他,留下了采访的原声记录。之后,中国和日本的语文教科书都有《藤野先生》《少年闰土》。使得藤野先生的大名才得以传播。他的家乡1961年建立了藤野严九郎纪念馆。日本东北大学设立了只给中国研究生的藤野严九郎纪念奖。