当然，我不认为受方舟子批评的人都是不可救药的家伙。我自己也中过他的一剑。那年，我在一篇文章里说要敬畏自然，就受到他顺带的批评。他的批评有一定道理。很多朋友讲敬畏自然，意思是要保护环境，但环境变化的机理的确有很多方面人们并不清楚，但各界人士都喜欢讲，难免说些揣测性的意见。“敬畏”一词也很含糊，容易引起歧义。方舟子有生物学的背景，他在这方面的发言权自然要强于我等。由这样的“小事”，我看出他是一个很较劲的科学主义者。其实，受方舟子批评的有的朋友，也有科学主义的思维取向，只是在一些问题上与方君存有某种认识角度的差异。争论中若过于爱惜自己的羽毛，就会说些过头话，把小分歧推向大对立了。

方舟子是一位科学主义者，算不上激进，更谈不上疯狂。他的科学直觉良好，听到不符合科学知识的言论，就站出来评论，大多不给对方面子。科技领域若有人涉嫌弄虚作假，他也仗义执言，予以揭露。按理说，这些行为是科技人员的行为底线，与激进行为八竿子打不着。在当今中国知识界，系统性的虚假知识比比皆是，炒作之风盛行，如果方君有好斗的激进科学主义倾向，那引起的争端远不是现在这个样子。

科学主义本来符合人类利益，这大概是方舟子科学打假旗帜不倒的基本原因。道理其实很简单。讲科学，首要是讲逻辑；我特别是指形式逻辑，而不是似是而非的所谓“辩证逻辑”。讲逻辑，人们才能学习，人类才能进化。试想，世间若没有逻辑，人们过了今天，全然不知道明天会怎么样，还会学习么？当然不会，因为学习没有意义了。人类能有今天，全凭逻辑的普遍性。有了逻辑，今天学习的知识，明天就管用；有了逻辑，人们之间就有了交流的平台，知识就会传播，人类进化的速度就会加快。正因为如此，科学主义的思维方式在任何时代都有一定的立足之地。

既然科学主义符合人类进化的要求，为什么在以往历史时代蒙昧主义能大行其道？那时的人们连形式逻辑也不讲么？其实，蒙昧主义主要不是不讲形式逻辑，而是逻辑推理的预设存在问题。在科学知识还很贫乏的时候，逻辑推理的预设往往是虚幻的，逻辑推理的结果也自然是错误的。人类知识进步的重要意义，就在于不断更新逻辑预设，并使一部分预设变为“常识”，使人们的知识创造过程能够简化。例如，现在人们会把“万有引力”作为预设，来推断很多过程的变化。类似这样的预设变成了常识；在社会领域，类似的预设还会变成人们的信念，让人们省却了很多知识创造的重复劳动，对人类的知识增进有极为重大的意义。

当然，对蒙昧主义的历史罪责，不能轻松地拿那个时代的知识匮乏做借口来消解。蒙昧主义在中世纪的大本营是天主教会，其实，教会领袖们并没有惩罚每一位实验科学家，有的科学家还是教会的座上宾。教会害怕的是科学家对他们权威的系统性挑战，例如像布鲁诺那样对教会的无情攻击。教会尤其害怕有人对他们的既得利益下手。最终把蒙昧主义挑下马来的力量，主要不是来自科学家或启蒙运动的思想领袖，而是来自世俗经济关系的变化。新航路的发现，商人阶层的崛起，以及商人和世俗贵族的联盟，让教会的垄断地位垮掉，科学家才有了自由空间。世俗政治家用科学主义的旗帜来对抗蒙昧主义，但真正的力量来自商业利益的诉求。科学主义有了自由，才会扇动自己的翅膀。

科学的胜利，并没有把自己变成独门老大；蒙昧主义只是退缩到了科学鞭长莫及的领域，例如，世界的本源与人生的意义，科学无法回答，宗教就有了空间。当今世界就有了一种基本分工，人们的灵魂由“上帝”关照，其余则由世俗权威关照或由自己守望。在传统基督教国家，神职人员已经相当知趣，不大会去挑战科学常识。我以为，科学的胜利完全没有必要、也不可能把蒙昧主义赶尽杀绝；甚至可以说眼下的分工还有积极意义。

但是，在中国，科学主义还不能说取得了基本胜利；不仅在一些领域有系统性的虚幻知识，即使在最容易被科学常识控制的世俗领域，招摇撞骗者时不时地在俘虏善男信女。也就是说，在中国，科学主义和蒙昧主义的基本分工还没有形成。在这种背景下，中国就特别需要方舟子这样的战士。方舟子的空间有多大，意味着中国的自由空间就有多大。