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1995年中共執政當局开始寻求强化法 *轮 *功的组织构架及与政府的关系。[50]中国政府的国家体委、公共健康部和气功科研会，访问李 洪 志，要求联合成立法 轮功协会，但李 洪 志表示拒绝。同年，气功科研会通过一项新规定，命令所有气功分会必须建立中国共产党党支部，但李 洪 志再次表示拒绝。[24]
李 洪 志与中国气功科研会的关系在1996年持续恶化。[47]1996 年3月，法 轮 功因拒不接受中国气功协会新负责人在「气功团体內部收取会员费创收」和「成立中国共产党党支部组织」的要求，主动申请退出中国气功协会和中国 气功科研会, 以独立非政府形式运作。自此，李 洪 志及其法 轮 功脱离了中国气功协会中的人脉和利益交换，同时失去了功派在中国政府体制系统的保护[24][51]。
法 轮 功申请退出中国气功协会，是与中国政府对气功的态度产生变化相对应的；当时随气功激进反对者在政府部门中的影响力增加，中国政府开始控制和影响各气功组织。90年代中期，中国政府主管的媒体开始发表文章批评气功。[24][32]法 轮 功起初并没有受批评，但在1996年3月退出中国气功协会后，失去了政府体制的保护。
中国作家协会前副主席劉賓雁稱，法 輪 功行為平和、理性、建设性，在文革式迫害中表现了史无前例的勇气，成为「中共獨裁50年来第一个无法征服的社会组织」。[287]《北京之春》主编胡平稱，法 轮 功对非暴力的坚定执著，为中国與全世界，树立了一个非暴力抗争的典范。[288]六四領袖王丹表示，法 輪 功的被鎮壓及其反抗的過程，成了對當代社會中國公民，進行非暴力抗爭運動的思想啟蒙過程。中共無所不用其極的刑訊被廣泛揭露，在中共官員群體中也引起對法 輪 功普遍的同情。[289]
