中国医学科学院是中国最高的国家级医学科学学术中心和综合性医学科学研究机构，类似于美国国立卫生研究院。长期以来她是中国的最高医学研究机构和科研主力军。可是九十年代以来，特别是进入21世纪以来，中国医学科学院、协和医科大学的发展似乎有停顿的迹象。以研究所的建设为例，研究所和研究中心尚停留在以前的模式上，一些新兴的学科和研究方向都没有收到重视。下表是中国医学科学院现有的研究所，中心。从表中可以看到当时的建制是涵盖了各科生物医学研究学科和方向的。
中国医学科学院现在的院所编制
临床医学研究所160;
基础医学研究所
心血管病研究所160;
整形外科研究所
药物研究所160;
医学实验动物研究所
医学信息研究所160;
药物植物研究所
皮肤病研究所160;
医学生物学研究所输血研究所160;
肿瘤研究所
医药生物技术研究所160;
微循环研究所放射医学研究所160;
生物医学工程研究所
神经科学研究所160;
血液学研究所图书馆160;
病原生物学研究所
八十年代中期，原中国医学科学院的一些研究所，像病毒所，微生物所，流行病所等从中国医学科学院分离出去了，成立了中国预防医学科学院，使中国医学科学院的整体实力有所下降，后来的中国预防医学科学院则变成了中国疾病预防中心，类似于美国的CDC（Center for Diseases Control).中国医学科学院、协和医科大学的发展曾经受制于北京市的昂贵有限的地皮而阻碍其校园建设和学科发展，因为中国医学科学院、协和医科大学座落在北京最繁华的商业中心-王府井大街，那里的每寸土地都是寸土寸金。其实，在王府井地去只留下一个协和医院就行了，中国医学科学院、协和医科大学应该搬到郊区去，做学文还是需要安静的地方，很难像想，中国最繁华的商业中心旁边树立着中国最优秀，最高水平的医学研究院，很多的难处是可想而知的。
整个90年代，生物医学界的热点是人类基因组学，从疾病基因的定位克隆到基因图谱，基因物理图谱，基因多态性图谱最后到全基因测序，其间还催生和发展了生物信息学，但是人类基因组学在疾病的制疗方面并没有带来很多新的方法和途径，原来抱有极大希望的基因治疗方法也因为基因治疗效率低，负作用大而变得离临床应用遥不可及。自2001年人类基因组学在完成了人类基因组全序列测定之后，海量的基因数据库建立了起来，共有120多个物种的基因组的序列完成了测序，现在正在进行其他600种物种的基因组序列测序。可是海量基因组序列并没有给我们带来很多重大的突破，虽然希统生物学和生物信息学得到了极大的发展。
进入了后基因组学后，许多生物科学的亮点不断涌现，生理病理机制的信号转导途径越来越清楚，TGF-beta, Hedgehog，WNT,mTOR， TLR等等信号图经与疾病的关系越来越密切，信号转导途径的深入和细致使小分子药物的研发希望不断扩大。这些信号途径也涉及疾病生理病理机制，而且很多也交叉涉及炎症，肿瘤多种致病种类和环节。另一个活跃的热点就是表观遗传学的兴起和成熟，有关甲基化和组蛋白的调控分子更直接的参与，调节，影响疾病的发生，这给疾病的治疗方法带来了新观念，也给新药的研发带来了新的方向。
最近10年生物医学最突出的进展就是干细胞研究的进展，干细胞介导的再生医学，包括细胞种植，器官植换，组织修复，血液再生等等会成为未来医疗的一个主要方向，特别是诱导性万能干细胞（iPS)的突破给未来的生物医学带来了无限的潜力。与此同时，小RNA治疗疾病的前景也越来越好，加上人源性单克隆抗体，新一代的疫苗的研制技术的成熟和系统生物学，后基因组学所推动的数字医学使今天的生物医学处在大变革的门槛上！
当今主要的新药研发方向：
1。干细胞（主要是IPS）和再生医学；
2. 小RNA（MiRNA和SiRNA）治疗，成本低，效果不错，研发周期短；
3. 治疗性单克隆抗体（人源化的），效果可靠，治疗面广；
4. 小分子药物（主要靠信号转道和结构生物学的成果）；
5. 新技术介道的药物嗮选（基因组学，表观遗传学和旦白组学的应用）
6. 疫苗
7. 多肽类药物
8. 高通量离子通到靶药物
中国是一个人口大国，拥有云云13亿人口，人民的健保和医疗的任务是全世界最繁重的，生物医学的基础研究是推进现代医学发展的基础！当今世界上谁把握住早日应用数字医学和开发出新药这些机会，谁就是赢家。中国医学科学院（医科院）长期以来一直是国家医学研究方面的主力军，拥有强大完备的科研队伍！可是最近 5-8年来，医科院在科研成果方面已落到了很多高校和中科院系统的研究所的后面，致使医科院这几年鲜有Nature,Science的文章发表。
最重要的还没有讯速建立起一些新型学科的研究所。特别要提及的是像干细胞这样极具潜力的学科，美国几乎所有的研究性大学的医学院都成立了干细胞与再生医学研究所，美国加州在州政府财力严重短缺的情况下还立法通过了州政府支持干细胞研究的立法，在布什总统禁止用联邦政府的经费做干细胞的研究的逆流中，加州政府慷慨的拨出30亿美元支持干细胞的研究,这还不包括私人捐助的资金！
中国是个大国，现在经济上也有了一定的实力，这么重要的学科，我们如果不行动，将来会在干细胞治疗上向别人付出天文数字的专利费用和研发技术费用的！再看看邻国，日本，韩国都在干细胞研究上有不俗的表现！中国现在在海外有5-10万生物博士，博后人才，其中有CNS文章的博后都有近万人，他们在美欧一流大学和顶尖实研室工作，拥有最前沿的专业知识和技能，像做出iPS干细胞的余君瑛就是一个优秀的代表！另外中国也有像林海凡这样的干细胞研究的世界顶尖人才，以中国现在的财力，人力，成立像干细胞与再生研究所这样的新型生物医学研究所可以说是万事俱备，只欠有关部门（领导）的批准这一东风！真诚的希望这些研究所能很快成立，使我们国家在未来的数十年里在生物医学方面不致于再落后美欧日很多！这也是考验一个民族的智慧和能力的决定！
希望中国医学界尽快成立的研究所：
1. 干细胞与再生研究所
2. 疫苗研究所
3. 细胞与信号传导研究所
4. 器官与移植研究所
5. 小RNA治疗研究所
6. 蛋白组与疾病研究所
7. 环境与疾病研究所
8. 医学信息学与数字医学研究所
9. 分子医学研究所
10. 心脑疾病研究所
11. 呼吸疾病与急重症研究所
12. 炎症病理肿瘤研究所
13. 系统生物学研究所
14. 光电医学仪器研究所
15. 纳米生物医学研究所
（飘侠原创文章，转载请注明出处）
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