1.农业税制不科学。从世界各国来看，不论是否单独开征农业税，都是对农业商品流转额或农民的净所得课税。但中国农业税税基中，却包括了农民用于最基本的生存支出，如口粮支出、教育支出和医疗支出等。农村税费改革后，农业税是按土地的常年总产量计征，没有考虑当年总收入扣除生产耗费后的实际所得，这个常年产量既包括农民销售的商品粮，也包括农民的口粮和种子粮等。农业税实际上已退化为定额的土地税，或更像地租。
2.税率并不低。表面上看，农村税费改革后，大多数地方税负都是8.4%，但据专家推算，如果把现行农业税率换算为按商品征税，实际税率则是16.8％。又因为农民在购进农用生产资料时，增值税不能抵扣，实际农产品增值税税负要达到19%。而工业品增值税一般税率是17%。农产品增值税率比工业品高，这在世界上是少有的。
3.税负不公平。城镇个体户的增值税有月销售额600元——2000元的起征点，工薪阶层所得税也有月收入为800元的免征额。而农业税并没有起征点和免征额，无论土地常年产量是多少，是自用还是外销都要纳税，按全额计征，这不符合税收公平原则。
4.不利于提高中国农产品国际竞争力。据国务院发展研究中心韩俊推算，美国每亩玉米农业生产者平均税收负担为3.89元人民币，我国每亩玉米农业税平均10.72元，另外每亩还分摊24.22元的“三提五统”，生产成本畸高。对于园艺产品、畜产品等具有比较优势的产品，由于我国设置了较高的农业特产税率，也削弱了其出口竞争力。
