武汉肺炎病毒与SARS病毒的亲源关系
SARS 是严重急性呼吸道综合症(Severe Acute respiratory syndrome) 的简称。2003年爆发于中国的SARS 又常常被通俗地称为"非典” - 即非典型性肺炎。典型性肺炎是指医学上有多年治疗经验的pneumonia。2013年爆发于中东的严重呼吸道综合症(Middle East Respiratory Syndrome) 现简称为MERS. MERS也是一种非典型性肺炎 (即"非典”)。所以科学上严格地来说“非典”是个不够严谨的泛称。
这次大家密切关注的武汉肺炎明显地属于非典型性肺炎而非“常规”的pneumonia。 中国科学家们这次以令人敬佩的速度取得并发表了武汉肺炎致病冠状病毒RNA全序列。这种“新型冠状病毒”类似于SARS 病毒己被广泛报道。但究竟有多类似呢？相互间又是怎样的(亲源或非亲源) 关系呢？ 分子进化树(基因树，phylogenetic tree)是种研究和表示不同物种间的基因或基因组顺序进化关系系统发生树。亲源关系可以一目然。正所谓“one picture worths thousand words”。
昨日从美国立卫生研究院NCBI网站上看到了一张关于武汉肺炎致病冠状病毒的分子进化树(基因树)图, 回答了自己前一段的一些疑问，值得介绍分享一下。
这张冠状病毒基因组分进化图清楚地显示出SARS 病毒与MERS 病毒间有亲源关系但又有一定距离。小白鼠肝炎冠状病毒是作为参照组放在一起经过计算机进化树软件分析。在最终这张图上提供了一个很好的视觉参照。目前医学界比较确认的是蝙蝠是大型冠状病毒的自然宿主，从蝙蝠中已测到多种SARS和类SARS病毒。所谓类SARS病毒和SARS病毒一起清楚地构成了一个病毒家族。
非常醒目的是武汉肺炎致病冠状病毒与近几年测定出的蝙蝠类SARS病毒相当接近。在这种分子进化树图中横枝长短代表基因序列差异。横枝越长代表差异越大。该图标出了差异0.3的长度。横枝a+b ∼= 0.15 即平均每一核苷酸有大约15%的差异。反过来说武汉肺炎致病冠状病毒与近几年测定出的二种蝙蝠类SARS病毒有高达85%的同源性。武汉肺炎致病RNA冠状病毒有30473核糖核苷酸, 编码13个基因。这种分子进化树分析方法可以应用于编码的蛋白质作进一步深入细致的分析研究。在蛋白质氨基酸序列上的相同性/相似性可能会更高(>90%) ，因为RNA上的变异并不一定导致所编码的氨基酸的改变。
蝙蝠是大型冠状病毒的自然宿主。从蝙蝠到人一般要经过一个中间宿主的过渡过程。之前两次大型冠状病毒流感都是在动物中传播流行。SARS是果子狸传播给人类，而MERS是从单峰骆驼传播到沙特阿拉伯人。所以合理的推断是这次武汉肺炎致病冠状病毒最有可能也通过了海鲜市场的某种/某只野生动物传染给人的。
参考文献及几篇有价值的相关博文：
NCBI Insights: “Novel coronavirus complete genome from the Wuhan outbreak now available in GenBank” https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2020/01/13/novel-coronavirus/
幸福剧团_文学城博客转载李懿泽: “对抗新型冠状病毒，能从抗击非典中汲取什么经验？”
赌城看客_文学城博客：“武汉新病毒的科研进展”
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