前面提到魏晋的时代，民间流行炼丹求仙的道家之术。也是正在这个时候，从西面流传来的佛教开始进入主流。这段时间，战火连天，五胡乱华，135年间有十六个国家交替出现，几国共存，中国处于分裂状态。不过，这些胡人一旦坐了江山，也会拿来主义地借儒学来为自己张势。这些国家有的也依样画葫芦地开设了太学，也就是当时的中央党校级别的高等学府。不过，开办是一回事，办得如何就是另一回事了。当时那些国家自己的江山不稳，所以学校也是时办时停，生员则不是选拔人才，而是取公卿子弟。如此学校，即使办得再轰轰烈烈也不过是绣花枕头一只。儒学在那段时期只能是抱残守缺，统治地位逐渐为道教，佛教取代。
佛教的兴旺是南北朝开始的，最著名的是梁武帝萧衍，此人自幼读经史，学的是儒学，后转信道教，最后成了虔诚的佛教徒，佛教戒酒断杀生的戒律就是这位的规定。他对佛教传播的最大贡献在于把传统的心性论，灵魂不灭的说法与佛教的涅磐结合起来，促进了佛学的中国化。虽然贵为天子，他吃斋戒酒，过佛教徒的生活。上有所好，下必甚焉；更何况还有政令推行，在中国大地上几百年的儒学，道教，就这样被放在了陪坐的位置。
到了隋朝，文帝一统天下，实行了一系列措施，其中对儒学复兴最重要的是建立科举制度和汉化。科举制度的建立，给了读书人“一人得道，鸡犬升天”的机会，对于选拔人才无疑是好事，同时让儒生们看到了希望。隋推行的汉化也在要求胡人们把舌头捋直讲汉语的同时推行传统的道德观念，也为儒学的复兴埋下了伏笔。虽然儒学在三教之中叨陪末座，但是好日子已经在招手了。
唐高祖李渊重视儒学，立国子监，重用儒臣。此时的儒学开始摆脱隋末三教之末的地位。儒教地位好转了，一些学者开始排挤道释二教。然而，毕竟其他两家也有众 多的粉丝，不可能被彻底抛弃，高祖李渊在兴学诏中申明：“三教虽并，善归一掇。沙门事佛，灵宇相望。朝贤宗儒，辟雍顿废。公正以下，宁得不惭。”
太宗继位后，深知儒学的重要性，停止尊周公为先圣，开始在国学立孔子庙堂，尊孔子为先圣，颜子为先师，并在全国范围内，广征儒生为学官，凡能通一经的就有 个官做，儒家在三教当中占了中心地位。有意思的是唐朝自始至终，对三教的官方排序是道，儒，释，这个顺序是高祖李渊钦定的，原因是李渊认为道教的开山祖老子是他家祖先。所以，儒教势力虽大，唐朝的国教一直是道教。
太宗对儒学的另一大贡献是整顿，整理儒学经典，让儒学在经义上达到统一， 使得整理后的儒学经典成为官方教材，为后世大规模普及儒学打下了基础。
作为主流，儒教在唐的发展远逊于佛，道。而安史之乱，也使儒学者承认以明经为本的经化儒学对纯洁道德的无能为力，也难于解决社会问题。唐中有韩愈，柳宗元和韩的学生李翱，等也借鉴佛学观念，以及晚唐时对《春秋》的研究对宋朝的儒学发展起了先导作用。
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