西辽的崛起是西域和中亚宗教史上的大事，直接影响了该地宗教的演化进程。
西辽的建立者耶律大石系辽宗室出身，儒学造诣很深，他在天庆五年中进士，获得殿试第一名，相当于南方宋朝的状元。女真酋长完颜阿骨打起兵反辽后，辽节节退败，末帝天祚帝更被金兵俘虏。耶律大石自感无法同女真抗衡，便趁金兵1126年南下攻宋之时，自内蒙的可敦城领契丹、奚、汉三军西遁，目的地是当时辽朝的属国——高昌的回鹘亦都护政权。
在西域，耶律大石先是占领了北疆的叶密立，即现在的额敏县，并以此为根据地，对周边诸国进行征伐。1132年，耶律大石正式称帝，改元延庆。周边的突厥部族则按自身的传统，将耶律大石在西域重建的辽朝政权称为哈喇契丹或者黑契丹，即大契丹之意，耶律大石上号为菊儿汗，即英勇的可汗。
耶律大石扩张的目标是不臣属于辽朝的回部各国，特别是回鹘的死敌哈喇汗国。哈喇汗当时已经分裂为东、西两汗国。东汗国迅速被耶律大石击败，成为西辽的藩属。耶律大石更占领了东哈喇汗的首都巴拉沙衮，改为西辽的都城。
耶律大石试图以西域为根据地对金发动远征，光复辽室在东方的统治，但是远征部队遭遇了惨败。这之后，耶律大石就全力投入对西辽西部各国的征伐中，导致穆斯林世界发动了一次对他的圣战。
西辽的疆域，地图西部的浅绿色
我们的老朋友，以专擅叛变而名垂青史的葛逻禄部，这时再度与他们当下的主子——西哈喇汗，发生冲突。葛逻禄派人向西辽求援，耶律大石认为这是迫降西哈喇汗国的大好时机，便亲自率兵西征，在忽毡城下大败西哈喇汗的马哈木德汗。
马哈木德逃往撒马尔罕，向他的宗主，当时中东和伊朗的霸主——塞留柱苏丹国的苏丹桑扎尔求援。桑扎尔自他的属国里拼凑出一支10万人的多国部队，打着圣战的名义，于1141年亲自率军东渡阿姆河，讨伐西辽的属臣葛逻禄，并要求耶律大石皈依伊斯兰教。
耶律大石则带领五万士卒，与桑扎尔的大军会战于撒马尔罕以北的卡特万草原。结果桑扎尔被彻底击败，虽然他只身逃脱了战场，但其妻子和众多属国国王全成了俘虏，随行的过万名伊斯兰教士被杀。
耶律大石趁势进军撒马尔罕，并在城中驻留90天。期间中亚各国，包括最强的花拉子模，均归降西辽，大批被伊斯兰统治阶级压迫的异教信徒热烈欢迎西辽的大军。卡特万大战是穆斯林自进入中亚以来第一次毁灭性的惨败，在桑扎尔败退之后，西辽统一了从北庭到咸海之间的整个西域地区。
1092年鼎盛时期的塞留柱帝国，中亚的大片区域（浅色），包括两个哈喇汗国，都是它的附庸。
耶 律大石在西域的成功，原因有二。一是他因地制宜地实施了宗教宽容政策。西域虽然名义上是伊斯兰教统治的地区，但是绿教在社会上的渗透率并不高，异教在平民 百姓中的信仰根基还非常稳固。契丹人和西迁的汉人虽然崇佛，但是耶律大石并没有强迫西辽的臣民改信佛教，而是颁布敕令，要求宗教信仰各以其俗。宗教战争被 明令禁止，西域持续了一个世纪的伊斯兰教同佛教间的战争暂告一段落。各宗教上层人士的权力，包括伊斯兰教，被西辽保护起来，这也是耶律大石的穆斯林属民支 持西辽统治的原因。
其 二是西辽并没有执行中原王朝大一统的中央集权制度，而是采取了直辖地和属国的二元统治。契丹人居汉地已久，大部都严重汉化，但是西迁的契丹人和汉人总数只 有数十万，中央集权制的中原政治文化无法在文化政治碎片化的西域建立起来，因此汉制只在首都附近的直辖地执行，而属国皆依旧俗，西辽仅派出少量官员监国和 征税，地方政治依旧被属国统治者们把持。西辽皇室也积极学习西域文化，从回鹘初聘请大量教师教授皇子突厥语。
约翰长老，欧洲中世纪神话中，在遥远的东方与穆斯林作战的基督教捍卫者，耶律大石一说是他的原型
有 种观点认为，代表中原文明的西辽击溃塞留柱苏丹国，象征着汉文化在西域的再度胜利。这种说法有一定的道理，但总体而言未免太偏激。一方面，西辽的统治的确 令大批西迁汉人（主要来自辽朝统治的山西）遍布西域各地，西域同中原地区断绝百年的文化交流重新被建立起来；由于契丹人浸淫汉文明已久，中亚乃至东欧的国 家无法分辨契丹人和汉人的区别，乃用契丹指代汉人或中原王朝的同义词；另一方面，从上面的描述也可以看到，西辽没有能力也没有意愿改变西辽域内的既有文化 格局。西域文明的变迁，无论是宗教还是政治方面。并不是在西辽的主动推动下进行的。
重德元宝——西辽耶律普速完执政时期发行的汉式钱币
然而西辽的统治的确带来了区域内宗教文化的巨大变革。肤浅的表征是异教信仰的再度复兴，由于西辽的宗教宽容政策，佛教徒、拜火教徒，乃至摩尼教徒，不再受到穆斯林统治者的限制，许多宗教场所得以重开，宗教仪式和庆典得以复兴。但从深层次的变化来看，西辽统治的最大收益者还是伊斯兰教。以前因为哈喇汗国和回鹘间的宗教战争，导致伊斯兰传教士无法进入新疆东部传教。西辽统一西域后，这道阻碍绿教东传的墙就不复存在了。伊斯兰教的排他性、独一性和高度的组织性令它在传教方面的效率远高于其他宗教，高昌回鹘境内的伊斯兰教徒数目迅速增加，并最终在蒙古时期挑战并颠覆了佛教徒的统治地位。
伊 斯兰教在卡特万之战的溃败，和之后异教的复兴，也刺激了伊斯兰学者们的反思。以前绿教在中亚都走上层路线，不仅无法取得民心，而且令自己同被统治者对立。 卡特万之战后，伊斯兰教逐渐改变了策略，专注在平民中传教，不再强求使用阿拉伯语，宗教仪式开始简化，并糅合了东方的哲学及神秘主义观点，这就是苏菲主义 的兴起。著名的中亚苏菲艾赫马德亚萨维，把穆斯林的仪式大幅简化，并用突厥语向异教徒布道，取得了巨大的成功。
艾赫马德 亚萨维 ——用突厥语传教的著名苏菲
中亚的穆斯林群体中诞生了大量的苏菲社团，并积极向周边，特别是草原地区和新疆东部传教。13世纪初丘处机西去阿富汗觐见成吉思汗时，注意到北庭以西的广大地区，已经完全皈依了伊斯兰教，其时佛教只在西域的少量地区坚持着自己的存在。14世纪察合台汗国绿化后，天山以南广大地区里最后的异教信仰，也随之灭亡。可以这么说说，西辽复兴了旧教，也间接地做了旧教的掘墓人。
佛教的终焉——察合台汗国的建立
13世纪初，西辽在西域的多元统治开始走衰。先是中亚的属国花拉子模反叛，成为伊朗和中亚的强权，蚕食了西辽在中亚的属地。与之同时，西辽东部的臣属，高昌回鹘的亦都护政权，也杀死契丹在当地的监国，投奔了新兴的蒙古国。
蒙古的孛儿只斤氏，在族长铁木真的领导下，于草原无休止的厮杀中成为最后的胜利者。1206年， 铁木真召集蒙古诸部贵酋，号成吉思汗，建立了大蒙古国，欧亚大陆一个多世纪的血雨腥风，就此拉开了序幕。同之前的突厥帝国一样，被蒙古国征服的草原部族， 也逐渐自称为蒙古人，这样蒙古的人数就像滚雪球一般越来越多，统治这个草原部族集合的，是孛儿只斤一族，也就是所谓的黄金氏族。
高昌亦都护归降成吉思汗在西辽造成了连锁反应，1211年 我们熟知的老朋友葛罗禄部再次见风使舵，完全不顾数十年前西辽庇护他们不受哈喇汗国压迫的人情，叛辽降蒙。同年，西辽末帝直鲁古的女婿，成吉思汗的手下败 将乃蛮部王子屈出律发动政变，囚禁了他的丈人。屈出律本是景教徒，但是在他老婆的劝诱下改信了佛教。夺取帝位后，他企图将帝国全境强制佛教化，结果遭到了 属下穆斯林的激烈反对。1218年，成吉思汗决心铲除屈出律的政权，遂派大将哲别西征。由于屈出律不得人心的各项政策，西辽故地纷纷投降蒙古军，屈出律在瓦罕河谷一带被蒙古的追兵杀死。蒙古在西辽故地实行了达鲁花赤监国制度，帕米尔以东的西域进入了蒙古统治时期。
成吉思汗消灭了屈出律政权后，并没有停止西征的步伐，1219年，又亲自率领20万大军讨伐花拉子模，后者被蒙古大军彻底毁灭。到了1221年，蒙古人已经占有了花拉子模的所有中亚领土。这就是蒙古史上的第一次西征。
成吉思汗
蒙 古国的本质是成吉思汗家族的私有财产，在成功西征后，如何统治广大的西域领土，就成了成吉思汗最急迫要解决的事情。蒙古祖制，只有正妻的后代才能享有父亲 的遗产。成吉思汗的二子察合台被封在了西辽以前的直辖地，即高昌西陲到河中之间的草原，三子窝阔台的封国则是察合台封地以北的阿尔泰山一带，包括西辽的龙 兴之地叶密立。
值得注意的是，察合台与窝阔台的封地，与后来形成的察合台、窝阔台汗国并不重合。成吉思汗并没有将中亚和塔里木盆地富庶的农耕城邦封给他的儿子们，而是从中央派出官吏直接官吏。大汗的直辖领地是察合台、窝阔台后裔觊觎数载的大肥肉，最终在蒙古内战中被两个汗国吞并。
蒙 古第一次西征里的获益者不光是黄金家族成员，回鹘亦都护政权亦受益匪浅。回鹘是西域最早归附蒙古的国家，其首领亦都护巴而术阿而忒的斤伴随成吉思汗讨伐花 拉子模，自始至终忠心耿耿，深受成吉思汗信赖，成吉思汗遂以其女嫁与亦都护，将之视同自己的第五子。亦都护的辖地内没有蒙古官员，内政完全自治。回鹘人凭 借自己与蒙古人的因缘，大批充当蒙古官员。回鹘在蒙古国色目人中身居显位，以至于后来汉地管所有蒙古从西域带过来的人都叫做回回，即回鹘的别译。
成吉思汗死后的继承纠纷中，回鹘亦都护是站在窝阔台一边的，所以在窝阔台和其子贵由统治蒙古期间，回鹘一直过得很滋润。但是当1215年成吉思汗幺子托雷系的蒙哥继承汗位后，回鹘的地位一落千丈。蒙哥对汗国内的窝阔台和察合台系成员进行了大清洗，并将中亚的蒙古属地改制为两个行中书省，在回鹘的首都北庭或者别失八里派驻蒙古大员，全面剥夺亦都护的自治权。
祸 不单行，此时回鹘境内的伊斯兰教徒和佛教徒的关系，已经到了水火不容的地步。蒙古继承了西辽的宗教宽容政策，导致伊斯兰教在佛教回鹘境内进一步扩张。蒙哥 继位后的第二年，别失八里的佛教徒密谋趁城内的穆斯林在主麻日前往清真寺礼拜之时，将之全部杀光。结果阴谋尚未执行就东窗事发，被蒙哥知晓，这就是亦都护 政权命运的转折点——别失八里教案。蒙哥认定回鹘亦都护是教案的主谋，命令亦都护的弟弟继承爵位，并亲手将他哥哥锯成两半。亦都护的大部分领地或被蒙古藩 王分割，或受蒙古大汗直接统治。亦都护迁都高昌，成为一个微不足道的地方小国。
蒙哥汗，他的继位标志着蒙古帝国分裂的开始
别失八里教案不仅是西域回鹘政权的转折点，也标志着伊斯兰教在新疆东部的全面胜利。由于佛教的保护者亦都护的势力受到了严重削弱，加上蒙古人对伊斯兰教的布道听之任之，造成伊斯兰教在西域的扩张，已经无人可挡了。
然 而对于佛教徒来说，他们的噩梦还没有完结，随之而来的蒙古内战彻底摧毁了西域佛教的经济基础。蒙哥朝的蒙古内部矛盾重重，成吉思汗四个儿子的后代为了汗位 互相仇视，内战已经到了一触即发的地步。同时，蒙古贵族内部也在是否放弃游牧经济一事上分为两派，互相不服。蒙哥在南征宋朝时暴毙，终于点燃了战火。久居 汉地的蒙哥二弟忽必烈，自立为汗，并将蒙古的政治中心转移到大都，废除汗号改国号为元。坚持游牧传统的蒙古贵族，包括察合台、窝阔台和成吉思汗长子术赤的 后裔，则在漠北和林拥戴蒙哥四弟阿不里哥为汗，蒙古帝国正式分裂。
忽必烈虽然凭借汉地的人力和财力，在1264年成功击败了漠北的阿不里哥，但是拥立其上位的西北诸王，依然不承认忽必烈大汗的地位。窝阔台系的海都继任为反忽必烈同盟的盟主。1269年， 察合台系、窝阔台系和术赤系的族长在中亚的塔拉斯会盟，共同瓜分了大汗在中亚的直辖领。次年，察合台汗巴剌南下讨伐元朝的盟友，伊尔汗国，结果大败。海都 趁机杀掉巴剌，将察合台汗国降为自己的附庸，开始大举入侵忽必烈在西域的领地。此时忽必烈正在全力攻宋，无法派兵支援西边，亦都护政权所在的高昌被海都军 连番洗劫，农田荒芜，往昔繁荣不再。
1279年，元朝剿灭了最后一支南宋抵抗势力，统一了汉地，忽必烈的注意力这才转移到西北。为了更好地巩固边防，元朝再次采用了屯田制度，派遣大批汉人进入西域建立屯田卫所，特别是同海都作战的前线别失八里。1280年，事隔400年后，忽必烈重设了北庭都护府，全面主持西北军民事宜。元的西域边军以汉人为主力，然而元朝臭名昭著的等级制度决定了汉人屯田军士的社会地位与奴隶无异，这些汉军毫无战斗力，士气低落，在西北藩王的进攻下迅速溃败。不到10年，元朝在西北的屯田制度就几近崩溃。1287年，海都的附庸察合台汗都哇吞并了高昌以西的整个南疆地区，回鹘亦都护战死，其子东奔甘肃武威的永昌府，西域的回鹘亦都护政权随之灭亡。都哇以塔里木盆地为根据地，逐步建立了察合台汗国在西域的绝对主导地位。
元朝版图，佛教犹存的新疆东部是元和西北藩王争夺的主要地带
1301年 海都在作战中受伤，不久死亡。察合台汗国不仅摆脱了窝阔台汗的控制，更在之后的窝阔台汗国内战中成功击败了其最后一任汗王察八儿，吞并了窝阔台汗国。从此 西域进入了察合台一家独大的时期，这也是西域最终实现完全穆斯林化和突厥化的阶段。都哇执政的晚年，察合台已经同元朝议和。此时察合台汗国的经济，完全依 赖汗国西部的穆斯林地区，因为东部的佛教地带，在同元的战争中早已残破凋零，穆斯林因此成为了汗国统治主要凭借的力量。为了巩固察合台系在西域的统治，历 代察合台汗和蒙古贵族都与当地豪族通婚，并兼操蒙古、突厥双语，蒙古的血脉和文化慢慢消失殆尽。察合台的突厥化蒙古人，使用的是西部穆斯林地区的哈卡尼耶 方言，而作为佛教文化代表的东部回鹘方言，被严重边缘化。
西域佛教徒的最终末日来得很快。察合台汗国在1346年分裂为东西两个汗国，1347年， 东部汗国的汗秃忽鲁帖木儿为了摆脱强大的蒙古诸侯秃豁剌惕部的控制，决定皈依伊斯兰，企图借助广大的穆斯林信众对抗秃豁剌惕的势力。指引他入教的，是中亚 著名的苏菲沙黑·扎马鲁丁和卓。沙黑·扎马鲁丁和卓早逝，但他的儿子毛拉·阿沙德·额什丁和卓在忽鲁帖木儿的邀请下入汗国传教，并被拜为国师。额什丁和卓 主持了忽鲁帖木儿正式的入教大典，又说服察合台控制下的蒙古诸部16万人皈依伊斯兰教。忽鲁帖木儿将佛教重镇库车封给额什丁和卓，作为他的苏菲教团根据地。汗国剩余的佛教徒随即在龟兹和库车发动了大规模的叛乱，但都被忽鲁帖木儿残忍地镇压下去。汗国境内的佛教徒被屠杀得一干二净，新疆的诸多佛教石窟，大多都在这一时期被毁灭。
繁荣了一千五百年的龟兹克孜尔千佛洞，关闭于东察合台汗国时期
忽鲁帖木儿允许额什丁和卓家族世袭汗国的最高伊斯兰法官一职，作为平衡秃豁剌惕部军事力量的工具，但他万万没有想到，额什丁家族的势力会迅速膨胀，最终变成了左右汗国政治的另一只重要力量。额什丁和卓进入西域，开启了新疆之后长达400年的和卓时代。
