日本共同社16日报道，日本首相安倍晋三15日在首相官邸会见自民党外交小组等的干部，指示对《南京大屠杀档案》列入世界记忆遗产的原委展开调查。
慰安妇相关档案此次未被列入遗产，考虑到中国准备再次提出申请，安倍称“应调查为什么会出现这样的事态，为两年后（的下次登录审查）做好准备”。自民党计划设立调查组，向政府提出建议。
关于联合国教科文组织（UNESCO）未考虑日本政府的立场而将档案列入遗产一事，安倍指出“应当反省没有开展组织活动的教训”。
官房长官菅义伟在当天的记者会上，对俄罗斯政府高官称日本申报西伯利亚扣留档案登录世界记忆遗产是政治利用教科文组织一事反驳道：“（申请）得到了俄方的理解与合作。”
关于俄方认为日本就西伯利亚扣留档案申遗和中国《南京大屠杀档案》一样属于政治利用一事，菅义伟指出：“日本和中国的主张完全不同。日本是和俄罗斯合作推进的申遗，两者截然不同。”
日本政府批评中国将《南京大屠杀档案》申遗是“政治利用教科文组织”，而俄罗斯政府的联合国教科文组织委员会书记奥尔忠尼启泽批评称“正是日本用申报打开了潘多拉魔盒”。关于南京大屠杀，他对中国国民的悲惨经历表示了理解，但也指出“同样的情况在很多国家存在，需在两国间解决问题”，还主张世界记忆遗产项目涉及战争相关事件并不妥当。
《南京大屠杀档案》列入世界记忆遗产名录后，日本方面反应很大，政府随即表示计划冻结提供给教科文组织的经费资助。
美国因为抗议组织接纳巴勒斯坦成为会员国，2011年起，拒绝向教科文组织缴纳经费。日本实际上已成为该组织最大的金主，去年承担了约一成经费，接近3100万美元，比中国多一倍 。
