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在毛远新短短的政治生涯中，最令人发指的是他在辽宁任职期间，直接指挥了对张志新烈士的迫害与虐杀。
1969年9月18 日，张志新以“反革命”的罪名被捕入狱，时年38岁。张志新被逮捕后，原打算只要她认罪，判几年就可以了。但张志新始终坚持自己无罪。1970年5月，张志新 因“反对毛主席、反对江青同志，为刘少奇翻案”被判死刑，案件呈至已实行军管的辽宁省高级人民法院。一处高振忠副处长看了报告，私下说：“张志新动口不动手，没有搞破坏;另外，党员在党的组织会议上发表自己的看法，能构成犯罪吗？”
“军管会”认为高副处长执行不力，決定換人，換上了周××。周××感到压力很大，决心这次不能再“右”了——那时普遍认为“左”比“右”好。他本意是判张志新两年以上刑期，但就在誊抄审判意见稿时，觉得自己还可能被“军管会”认为“右倾”，为了表示自己的坚决，他一下子把刑期改为15年。 在那个黑暗的时代，哪有什么法律可言。
审判意见稿送到军代表那里，军代表连写了“六个恶毒攻击”，结论是“判处死刑，立即执行”，再报辽宁省革命委员会审批。参加会议的法院 方面代表一致同意判张志新死刑，但在最后，当时辽宁省最高负责人、军区司令员陈锡联发话：留个活口，当反面教员，不杀为好。于是，张志新被改判无期，这一 “指示”让张志新多活了几年。
1973年，11月，监狱组织“批林批孔”学习大会，在大会上讲到林彪执行极右路线，这时有一个 犯人站起来喊：林彪不是地主，他家里没有土地。他喊完以后，已经几年监狱折磨成精神失常的张志新站起来高喊了一句：“中共极左 路线的总根子是毛泽东。”当时立即有人扑过去把她押出去了。張志新因此被認定“仍顽固坚持反动立场，在劳改当中又构成重新犯罪”。于是监狱向辽宁省革委提出了死刑报告，拟判处死刑，立即執行。
1975年2月，辽宁省委常委开会讨论“现行反革命犯张志新的案情报告”。出席這次會議的有毛遠新、魏××、蘇×等17人（毛遠新时任辽宁省革命委员会主任、沈阳军区第一政委）。会议由毛远新主持，他最后拍板说：“判了无期 徒刑，还一直相当反动，看来是死心塌地; 服刑期间还那么疯狂，还犯罪，让她多活一天多搞一天反革命，杀了算了。” 一个年轻生命的命运就这样被决定了。这份会议记录可以在辽宁省档案馆中查到。
张志新的死刑判决公布之后，监狱里有人提出张志新“是否精神失常”的问题，但上级批示“她是假象，本质不变，仍按批示执行 ”。1975年4月4日，45岁的张志新在沈阳大洼刑场被枪决。监方怕她死前呼喊“反动口号”，行刑前在狱中惨无人道地强行割断了她的喉管。
毛遠新一锤定音，张志新就这样惨死在共产党的枪口下。看到捧毛族们至今还在为这个双手沾满张志新烈士鲜血的人脸上贴金，人们不禁要问：天理何在？
