吴德峰对于自己的处分，同他对这个案子一样，事先毫不知情。
他是在出席中南军政委会全体会议的时候突然宣布的，
中南军政委会的成员中还有不少民主人士，听到这个消息后，全都非常惊讶，会场顿时一片沉寂。这样的场面未免有些难堪，中南局副书记李雪峰写个字条给吴德峰，要他在会上表个态。吴德峰也深感突然，心情非常沉重，当时也只能大局为重，站了起来，说：自己受党教育多年，如今犯了错误，感到非常痛心。自己要接受教训，服从组织决定。吴德峰表态以后，在场的不少同志都流了眼泪。有些民主人士一方面感到震惊，吴德峰这样的好市长怎么会被撤职？另一方面感到共产党确实伟大，对吴德峰这样的领导干部，说撤职就撤职，一点情面都不留。
事后，吴德峰立即告诉秘书、警卫员和司机：我现在已经不是市长了，你们回市政府办公厅另行安排工作，并将自己使用的专车上交。这几位工作人员都不肯离开，警卫员说：我的任务是保证首长的安全，我不能离开您。吴德峰对他说：敌人要杀的是市长吴德峰，我现在不是市长了，不会有安全问题。
宣布撤职的第二天，吴德峰见了主持中南局日常工作的邓子恢，说：
昨天在中南军政委员会的会议上突然宣布了中南局给我的处分，雪峰同志还要我当场表态。我作为一名共产党员，当然要服从组织的决定，但我思想上没能想通。
市二医院的盗款案，一直是平化、邦治同志亲自在抓，我并没有参与，许多情况我都是事后才知道的。
凭什么在这件事上给我撤职的处分？
而且依我看，平化、邦治同志对这个案子是很慎重的，在处理上并没有什么错，怎么会弄成现在这样的结果，我很不理解。
我更不理解为什么给党员处分不按党章规定办理，既不经我所在的党组织讨论，也不同我见面谈话，在宣布之前我完全不知道，简直是在搞突然袭击。我不理解中南局为什么要这样做。
邓子恢一直等他说完，语气和缓地说：我知道你们会对中南局的处理有意见。其实，我们也不想这样处理，这都是上面的意思。你怪我们事先没有同你谈话，我也知道这事处理的很仓促，可是我们也是才知道的。刚一知道就催得那么急，我们哪有时间找你谈话。你不知道，原来说的还要严重，是要开杀戒的。我料到你们会想不通，昨天已同季方谈过，要他想得开，也不要不服气，事情总会说清楚的。
吴德峰听邓子恢这么一说，这才知道事情并不简单，说：照你这么说，我是错怪你了。既然是上面定的，能不能给我看看中央的决定。
邓子恢面有难色地说：实话对你说，我也没有看到中央的文字决定，李之琏说是安子文打电话转达的主席指示。
吴德峰说：那应该有电话记录，给我看看电话记录也行。
邓子恢说：安子文没有和我通过电话，是李之琏在向中南局常委会议汇报时说的，他们有没有记录我也不太清楚。
吴德峰被撤销职务的消息第二天就在报纸上公布了，武汉市的广大干部和群众都深感诧异，表示很难理解：“这么好的领导，怎么说撤就撤了。”
1952年2月16日中南局的处分决定中，对吴德峰的处分文字是这样的：
“市委第一副书记兼市府党组书记吴德峰同志，对自己直接领导下的人员的犯法行为，不仅未能及时教育制止，且对压制民主一贯予以支持，早在一九四九年就曾同意周季方下令停止市人民法院的民主检查，后支持周季方非法逮捕法院的三个党员干部，对武汉化工厂的抵抗报纸的批评也曾予庇护，当宋瑛的压制民主查对笔迹的错误发生后，更一直采取庇护的态度，医院盗款案发生不仅对王清的堕落蜕化未予审查，亦未检讨自己用人不当。且当宋瑛、周季方侵犯人权非法逮捕纪凯夫后，不仅未对此种违法行为及时纠正，反而不加考虑即予以支持，并在处理此案的整个过程中，完全采取支持这种错误的态度；并在研究此案的会议上声称根据自己长期作保卫工作的经验看来，王清偷盗的证据愈多，恰恰是反证愈多（指阴谋陷害）。这样就使得偷盗犯王清和报复分子宋瑛敢于大胆实行其陷害，助长在卫生局系统某些党员的反党活动和党组若干成员反抗组织的情绪，这些都对此案的错误处理起了助长的积极作用。且直到最近亦未深刻检讨自己的责任，决定予以撤消工作的处分。
按照“七大”党章第六十六条的规定：“对党的组织及党员个人给予处分，须将处分的理由通知被处分者。”刘少奇同志在党的第七次全国代表大会上的修改党章报告中对这一条有如下解释：“党的组织在决定处分任何党员时，应尽可能使被处分者亲自到会，进行辩护。”无论是被处分的内容还是实施处分的程序都是不适当的，
中南局随即决定由中共湖北省委书记李先念兼任中共武汉市委书记、武汉市人民政府市长。李先念接任市长的第六天，主持市政府党组会议，特地邀请吴德峰同志参加，请他就武汉市政府的当前工作和今后的设想发表意见。李先念在作会议总结时对吴德峰给予很高的评价，明确提出：“吴德峰同志原来做出的决议要继续认真贯彻执行。我们决不应该因市二医院的盗款案而不公正地对待吴德峰同志。”他还特别强调吴德峰同志在武汉的工作成就和优良的作风“是武汉市的宝贵财富”。先念同志认真考察了武汉市前段工作情况，亲自找了不少同志谈话，听取上下左右各方面的反映，肯定了武汉市的工作成就，特地向中央和中南局写出报告，称：建国以来武汉市委、武汉市人民政府执行了中央的正确路线。从正面回答了改组中共武汉市委和市政府党组的问题。
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1953年夏天，时任中南军政委员会秘书长的张执一就对吴德峰说：你们的案子是错了，但你也不能再回武汉当市长了。中南局提议由你任中南政法委员会主任。
吴德峰表示：组织上的安排，我都服从。不过，我觉得还是毛主席、周总理了解自己，希望能够回到主席、总理身边工作。
1954年4月，中共中央取消中南局对吴德峰同志的处分，随即调任国务院政法办公室副主任。
同年9月，吴德峰出席第一届全国人民代表大会第一次会议，与许多分别多年的老同志会面，大家都很关心他在武汉时期的遭遇，有位省委书记愤愤不平地说：当时处分你的时候，是登了报的，弄得满城风雨，在全国都有影响。现在取消了处分，不能发个通知就算了事。你应该向中央提出来，也应该登报，在什么范围公布的，就应该在什么范围内收回。吴德峰说：“那样做对我有好处，但对党不利。只要对党有利，我个人受点委屈算什么。母亲已经承认错打了孩子，孩子还能对母亲不依不饶？”吴德峰不计个人恩怨、处处以党的利益为重的高尚品德，深为大家敬重。
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1952年吴德峰因为“纪凯夫案件”被撤职，李先念接替他的工作任武汉市市长。
后来经中央审查，取消了对他的处分，但是吴德峰从没有抱怨过什么，
只说：“母亲打错了孩子，孩子能够计较么？”
1954年吴德峰离开武汉调到北京工作，将近60岁的老人，又重新开始学习法律，后来成为最高人民法院副院长。
“文革”中，吴德峰没有逃脱被批斗的命运，红卫兵揪着年迈的他问：“你这个特务头子为什么没有死？”
吴德峰说：“那你们得问敌人，我为什么没有死。”
1976年“四人帮”刚被打倒，吴德峰就病逝了，临终前留下遗言：
不许给国家添一点麻烦，不许伸手向国家要钱。
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