这case没有什么复杂的吧？

首先H1三年免税是有条件的。非赢利机构，直接从中国大陆签出。在美国后转的都不适用。
其次，你０６年来美，肯定不是这种到非赢利机构的签证，所以你从开始就不能享受免税条款。而你０８年后在美国转为非赢利机构的H1，不符合从中国签出的原则，故你会作为美国纳税人对待，和你０５年B1/B2根本没关系。
如果你学校的人这么说，你就会死心，而不是纠结于那１１天。
这事和那１１天根本没关系。
最后，即使你是回中国签出的H1，还要看你在中国的逗留时间超过１８０天没？如果没有，你仍然不能作为中国纳税人员对待。

除非你没说清楚，否则那几千块是省不了的。