这里要谈的是boost-glide式的高超音速导弹，不是吸气式点高超音速导弹。
高超音速导弹的轨道可以分为四段。第一段是加速阶段，火箭加速飞到大气层外。第二段是在大气层外的自由飞行段，在这段因为在大气层外没有空气因此无法利用空气动力机动变轨，高超音速导弹的射程越远，这个自由飞行段所占整个轨道长度的比例就越高，无法机动变轨的自由飞行段相对就越长。第三段是再入滑翔段，这段是再入大气层之后滑翔的阶段，这段因为在大气层内因此可以利用空气动力变轨。第四段是来到目标区往下降落的末端段，这段不能做太多机动变轨否则容易错失目标。
从拦截的角度来说，在第二段，即所谓的自由飞行段，导弹的轨道与一般弹道导弹无异，走的是不机动变轨的弹道轨道，因此可以用SM-3拦截。拦截困难的是可以机动变轨的第三段，即再入滑翔段，这段以目前技术无法拦截，但美国正在研发可以在这段拦截的GPI (Glide Phase Interceptor)，美国国会也限期军方在一定期限哪做出来。到了第四段，即所谓的末端段 (Terminal Phase)，在这段高超音速导弹又和弹道导弹一样，重点是微调轨道对准目标，不能做太多的机动变轨，因此能够对弹道导弹做末端段做有效拦截的SM-6也能对高超音速导弹做有效的末端段拦截。总结来说，在自由飞行段可以用SM-3拦截，在末端段可以用SM-6拦截。
爱国者拦截弹在性能上比不上SM-6，但在俄乌战场爱国者拦截弹还是能对俄罗斯的高超音速导弹做有效的末端段拦截。性能比爱国者拦截弹更强的SM-6当然更没问题了。SM-6的增强型，所谓的SM-6 Block 1B已经研发到最后阶段，等到SM-6 Block 1B列装后终端段的拦截能力就更强了。
