明尼苏达大学的李方和石正丽的电子邮件被《美国知情权》披露，显示石正丽已经完成对冠状病毒的422突刺的序列已经成功进行了重组：
Re: 422 spike sequence
From: Fang Li
To: zlshi
Sent: February 10, 2018 4:59:31 PM CST
Received: February 10, 2018 4:59:31 PM CST
Thanks, Zhengli. I will let Ralph know.
Best,
Fang
On Fri, Feb 9, 2018 at 8:09 PM, zlshi wrote:
Dear Fang，
There should no problem if there is not too much overlapping with our work. I suppose that he want to
consctruct the recombinant virus with the 422 spike gene. We have already done this swapping on the
MERS-CoV backbone. The recombinant virus could be rescused upon transfection of genome plasmid,
but couldn't grow in the following passage. We have stop here for the moment. I would encourge him to
have a try.
Best regards,
Zhengli,
SHI Zhengli, Ph. D
Senior Scientist & Professor
Wuhan Institute of Virology, Chinese Academy of Sciences
44 Xiao Hong Shan
430071 Wuhan, Hubei
China
Tel & Fax: (0086) 27 87197240
Email: zlshi@wh.iov.cn
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From: Fang Li
Date: 2018-02-10 01:22
To: Zhengli Shi
Subject: 422 spike sequence
Dear Zhengli,
I just talked to Ralph Baric on the phone. I mentioned to him about your recent work on 422 that is
currently under review at JVI. He asked whether he could get the sequence of the 422 spike
protein. I said that I would need to check with you. Please let me know what you think.
Thanks,
Fang
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Fang Li, Ph.D.
Associate Professor
Department of Veterinary and Biomedical Sciences
University of Minnesota Twin Cities
612-625-6149, lifang@umn.edu
机翻如下：
回复：422 spike sequence
发件人：Fang Li <lifang@umn.edu>
收件人：zlshi <zlshi@wh.iov.cn>
发送日期：2018年2月10日 下午4：59：31 CST
收到时间：2018年2月10日 下午4：59：31 CST
感谢，正利。我会告诉拉尔夫。
祝你好，
方
2018年2月9日星期五晚上8：09，zlshi <zlshi@wh.iov.cn>写道：
亲爱的方，
只要我们的工作没有太多重叠，应该没问题。我猜他想
构建带有422刺突基因的重组病毒。我们已经在
MERS-CoV主干网上做过这种交换。重组病毒可以在转染基因组质粒时被回收，
但无法在后续通道中生长。我们暂时得停在这里。我会鼓励他
试试看。
此致，
郑利，
施正利，博士
，中国科学院
武汉病毒研究所高级科学家兼教授，
44 湖北
市武汉，肖红
430071山 电信传真：（0086） 27 87197240
电子邮件：zlshi@wh.iov.cn
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发件人：方李
日期：2018-02-10 01：22
收件人：石
正里 主题：422 尖刺序列
亲爱的正利，
我刚和拉尔夫·巴里克通了电话。我跟他提到了你最近关于422的研究，目前正在
JVI进行审查。他询问是否能获得422刺突
蛋白的序列。我说我需要先和你确认。请告诉我你的看法。
谢谢，
方
——
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方李博士
明尼苏达
大学双子城
分
校兽医与生物医学科学系副教授，电话612-625-6149，lifang@umn.edu
NIH文件揭示了COVID-19疫情前更广泛的冠状病毒工程研究
文件显示，多个美国资助项目的科学家提出改变蝙蝠病毒中的刺突蛋白和切割位点——这些工作呼应了后来备受争议的DEFUSE提案中提出的想法
早在武汉首次已知的新冠病例出现之前，一个松散的科学家网络——由美国政府资助支持并通过多次合作联系——已经在进行实验，试图回答一个看似简单的问题：新发现的蝙蝠冠状病毒感染人类需要什么条件？
这个问题在资助申请、电子邮件和NIH内部评审中反复出现。研究人员提出改造病毒刺突蛋白——即附着在宿主细胞上的部分——以测试蝙蝠病毒是否能更紧密地结合人类受体。他们还探讨了病毒切割位点的变化，这些分子开关使病毒能够更高效地解锁并进入细胞。
这些病毒改造很快卷入了疫情中最具争议的问题：SARS-CoV-2是通过动物向人类的自然溢出，还是通过与预判下一次疫情研究相关的实验室事件？这场辩论的导火点是DEFUSE——2018年向国防部高级研究机构DARPA（DARPA）提交的一项资助提案。
由美国非营利组织生态健康联盟领导，合作者包括北卡罗来纳大学病毒学家拉尔夫·巴里克（冠状病毒逆遗传学先驱）和武汉病毒研究所的石正利（领导中国最大蝙蝠冠状病毒采样项目），DEFUSE制定了测试蝙蝠冠状病毒刺突蛋白交换和切割位点插入的计划。该项目从未获得资金支持。
在疫情爆发后，提案细节曝光后，一些实验室泄漏假说的支持者认为，DEFUSE就像是SARS-CoV-2的蓝图。他们指出病毒独特的呋喃裂解位点——这是其最近亲属中不存在的刺突特征，能增强人类感染力和传播能力——以及DEFUSE旨在将类似的人类特异性裂解位点插入蝙蝠冠状病毒刺中。批评者反驳称该提案无关紧要，因为DARPA拒绝了它。
但更根本的问题是，DEFUSE究竟是一个孤立的理念，还是已经在进行的更广泛研究线索的一部分。
新获得的NIH记录表明，后来在DEFUSE中重点介绍的实验概念——通过尖峰交换、受体结合变化和切割位点插入来调节蝙蝠冠状病毒感染力——早在疫情爆发前多年，就已嵌入多个美国资助的新冠病毒研究项目中。
上月底，世界卫生组织新型病原体起源科学咨询组（SAGO）成员在《自然》杂志的一篇评论中直接回应了DEFUSE。
SAGO写道：“即使DEFUS资助申请获批，SARS-CoV-2从嵌合疫苗骨架中的基因组或拟议的刺突蛋白中提取出来，科学上也不太可能。”该组织强调，更广泛的起源调查仍在进行中，关键数据缺口依然存在。
这些记录，最近被美国获得了。知情权组织，不要与SAGO关于SARS-CoV-2是否可能直接源自DEFUS提案的狭隘结论相矛盾。但他们显示，多项研究提案已经在探索类似的方法，改变蝙蝠冠状病毒进入细胞的方式——这些实验旨在测试基因调整是否能扩大病毒感染新宿主（包括人类）的能力。
NIH内部审查也显示，机构科学家认识到潜在危害。早在2016年，审稿人就警告称，在重组冠状病毒中修改刺针结合或切割位点可能产生“新颖且意想不到”的病毒特征，尽管类似工作在其他联邦资助项目下仍在继续。
文件显示，在2019年前的几年里，许多概念上有明显重叠的项目被提出、辩论、修订、拒绝和批准，且这些研究人员多次参与其中。
当被问及更广泛的科学生态系统是否推动蝙蝠冠状病毒如何变得更具传染性时，爱荷华大学冠状病毒研究员斯坦利·珀尔曼博士表示：“这绝对正确。”“这毫无疑问。”
新公布的记录包括奥巴马时代暂停资助某些功能增益实验期间的NIH内部通信，以及此前被涂黑的明尼苏达大学邮件，这些邮件五年后仍未被涂黑。他们共同重建了美中新冠合作的运作方式以及联邦官员如何评估风险。
许多交流的核心人物是明尼苏达大学病毒学家方李，他的实验室成为连接多个研究团队的关键结构生物学枢纽。李在绘制刺突蛋白与受体和抗体相互作用方面的专业知识，使他的团队能够识别关键病毒特征，而合作者则构建重组病毒、交换刺突并开展动物感染研究。
2016年，李与巴里克的合作引起了美国国立卫生研究院内部的关注。记录显示，机构审查员得出结论，一项拟议的实验改变类SARS蝙蝠冠状病毒受体结合，可能产生风险更高的病毒——最终在联邦功能增益资金暂停期间阻止了该研究。
“新颖且出人意料”的风险
2016年春季，白宫下令暂停对某些功能增益研究的资助正在重塑病毒学，NIH官员敦促资助申请者澄清他们的冠状病毒实验是否可能属于这些限制范围内。
该禁令适用于流感、非典和中东呼吸综合征病毒。与人类密切相关的蝙蝠冠状病毒有时不在暂停范围内，因为它们尚未被证明能感染人类。
这一区分在2016年初变得尤为重要，当时NIH审查了李和巴里克的续期申请，题为“冠状病毒的受体识别与细胞进入”。
巴里克是北卡罗来纳大学的病毒学家，以开创冠状病毒逆遗传系统而闻名，多年来他与李及其他国际研究人员合作，研究冠状病毒如何适应新宿主。
2016年3月31日，NIH通知明尼苏达大学，Li-Baric资助可能包括暂停资助的相关研究，并要求科学家澄清任何拟议工作是否可能导致“通过呼吸途径增强哺乳动物的致病性和/或传播性”。
几天后，李和巴里奇发出了回应。
他们写道，大部分资助内容涉及结构生物学和伪病毒系统。但其中一个组成部分——“实验4”——提出制造带有突变的活体重组类SARS病毒，以测试病毒感染不同物种的效率。特别是，这些实验将测试工程化病毒利用ACE2受体——细胞表面的蛋白质，某些冠状病毒将其用作感染的门户。
科学家们认为，实验设计的受体结合力增强并不一定意味着“致病性”或病毒致病能力的增加。他们还承诺，如果工程化病毒的复制能力显著增加，即病毒在感染细胞中增殖速度加快，将停止相关研究。
在NIH内部，该提案的审查者看到了潜在风险。
在一份内部“生物危害评论”中，一位资助经理警告说，经过基因改造以增强刺突切割或增强ACE2结合的重组冠状病毒“可能具有新颖且意想不到的毒力表型”——或者，可能出现新的且不可预测的特征，使病毒更具危险性。
该意见建议在该提案提交机构内部功能增益监督委员会之前，允许该工作在生物安全三级防护措施下进行。
2016年5月18日，NIH官员作出了决定。
在允许其他资助部分继续进行的同时，机构阻止了实验4。NIH结论认为，工程化具有增强受体结合能力的类SARS病毒属于联邦功能增益资金暂停范围内，“可能不会在本资助范围内进行”，该项目负责新冠病毒资助的NIH项目官员埃里克·斯特米博士签署的信件中表示。
这一结论标志着NIH早期正式得出结论，即改变蝙蝠类SARS病毒的受体结合有可能制造出更危险的病原体。
这也暴露了暂停的应用不一致。虽然NIH阻止了李和巴里克提出的“增强亲和力”实验，但该机构允许在生态健康联盟资助下开展相关研究，该项目涉及武汉研究所。在那个案例中，包括斯特米在内的审稿人认为，所研究的蝙蝠冠状病毒尚未被证明能感染人类，因此不在暂停的范围内，尽管内部对实验存在疑问。
阻止李和巴里奇实验的决定并未解决更广泛的科学辩论，也未能阻止科学家们提出类似实验。
监管灰色地带
尽管NIH在2016年拒绝了相关观点，李和巴里克仍继续探索相关思想，联邦政策不断演变。
2017年3月——特朗普第一届政府上任两个月后——李接见了斯特米，讨论一项新提案。
李写道，巴里克“正在考虑制造一种类似SARS的嵌合蝙蝠合成病毒。”
李转交了一封由巴里奇签署的正式信件，提出一个想法：通过将一种蝙蝠样SARS冠状病毒SHC014的大部分与最近在乌干达发现的另一种蝙蝠病毒的刺突蛋白结合，制造一种杂交病毒。邮件显示，巴里克一个月前从哥伦比亚大学病毒学家西蒙·安东尼那里获得了乌干达病毒的完整序列，当时安东尼正与生态健康联盟及其他机构合作开展PREDICT项目——这是一个由加州大学戴维斯分校研究人员领导、由美国国际开发署资助、为期十年的野生动物新兴病毒编目项目。
Baric和Li的新提案还要求修改与ACE2受体结合的刺突区域——本质上是调整Uganda杂交种与不同物种细胞的附着强度。
团队计划测试这种工程化病毒是否能感染携带人类、小鼠、蝙蝠或灵猫受体的细胞。如果改造病毒复制高效，研究人员建议构建包含这些受体增强突变的完整乌干达病毒版本。
科学家们在信中辩称，该实验不符合联邦对潜在大流行病原体的定义，因为最初的蝙蝠病毒都未被证明会引起人类疾病。
他们还承诺，如果任何工程化病毒的复制性能比用作基准的SARS病毒强十倍以上，将停止相关工作。
两周后，斯特米回复称NIH内部委员会尚未做出决定。
他写道，该提案已进入监管过渡阶段。
“目前还没有什么可报告的，”斯特米写道。“我们的内部委员会还没开会。目前情况有些灰色地带，因为《火之歌》的研究经费暂停在技术上仍然有效，部门正在实施取代它的P3CO政策。”
现有记录未显示NIH最终对乌干达奇美拉提案作出的决定。
李和巴里奇均未回应置评请求。NIH和斯特米也未回应有关其资助决定的问题。
这次交流展示了研究人员如何持续探索蝙蝠冠状病毒基因组和刺突蛋白的新组合，尽管联邦官员努力界定功能增益的界限。
绿灯在红旗中闪烁
Li-Baric资助并非独一无二。
在同一时期的多个项目中，NIH审查并经常批准旨在改变受体结合结构域、病毒间交换刺突蛋白或修改影响冠状病毒感染细胞方式的切割位点的实验。
在巴里克和范德堡大学病毒学家马克·丹尼森领导的资助下，研究人员提出生成小鼠适应型的SARS相关蝙蝠病毒WIV1和SHC014。内部评审指出，所得菌株在动物中可能表现出增强的致病性或传播性。早期草稿回应质疑该工作是否符合资助目标，但后来版本准备批准实验。
另一个Baric项目构建了带有SHC014或WIV1刺突蛋白的SARS嵌合体。美国国立卫生研究院（NIH）当时得出结论，这些实验未达到功能增益定义，尽管这些尖峰交换的目的是测试蝙蝠病毒是否能感染新宿主。
2015年早期的批准包括将MERS切割位点序列插入相关蝙蝠病毒HKU4，并改变受体结合区以提高病毒附着于细胞的效率。同一资助还允许对MERS切割部位进行改造——这些修改会影响病毒进入效率。
综合来看，这些记录显示NIH在功能增益暂停期间阻断了某些受体结合实验，同时允许其他资助项目下进行密切相关的尖突交换和切割位点研究。
到2018年初，这一监管环境成为更雄心勃勃提案的背景：DEFUSE。
非正式的科学交流
日常邮件还显示了合作者间思想和基因序列的非正式传播。
在2018年2月的一次交流中，李向著名WIV冠状病毒研究员施表示，巴里奇希望获得她未发表的一种类似MERS的蝙蝠冠状病毒“422”刺突蛋白序列。
李写道，他曾“提到”施氏最近与病毒的研究，巴里克问他是否能“获得422刺突蛋白的序列”。
“我说过我需要先和你确认一下，”李补充道。
Shi回复说，如果Baric的工作和她自己的工作没有太多重叠，她觉得“分享信息没问题”。她还描述了实验室已经尝试过的实验。
她写道：“我们已经在MERS-CoV骨干上做过这种交换。”
施氏说，重组病毒可以在转染后被拯救，但“无法在接下来的过程中生长”。
“我们暂时得停在这里，”石补充道。“我会鼓励他试试。”
这次交流展现了记录中反映的协作科学生态系统，美中研究人员实时分享了序列、实验想法和初步发现。
次月，Baric和Shi加入生态健康联盟，向DARPA提交了DEFUS提案。
科学家们对风险展开讨论
爱荷华大学冠状病毒研究员斯坦利·珀尔曼与李合作表示，记录中描述的更广泛研究生态系统是真实存在的，尽管组织松散。
他说，研究人员试图确定哪些蝙蝠冠状病毒“可能感染人类细胞”，从而构成大流行风险。
与此同时，珀尔曼表示，他认为驱动嵌合体实验的一些科学问题，往往可以用更简单的方法来解决。
珀尔曼说：“其实不需要制造嵌合病毒来获取一些信息，”他补充说，他相信SARS-CoV-2是自然起源的。“嵌合病毒不是我最喜欢的方式。”
另外两位分别审查新曝光的NIH档案的科学家则更为批评。
英国-法国病毒学家西蒙·韦恩-霍布森长期反对功能增益研究，称巴里克提出的一个重组病毒概念为“疯狂”。
他说：“在《火炬》流感病毒争议之后，”他引用了关于研究人员是否应故意让致命病毒更具传染性以研究它们的长达十年的辩论，“这表明巴里奇一无所获。”
生物信息学教授史蒂夫·马西也审查了这些记录，他表示这些记录揭示了他认为一个反复出现的模式：研究人员——尤其是巴里克——不断突破实验边界，使用技术性语言“迷惑”评审者，并说服他们批准他认为属于功能增益研究的研究。
马西还指出了他认为的一个贯通线：在MERS中改变“人类蛋白酶切割位点”的提议，他说这类似于后来围绕SARS-CoV-2的切割位点工程辩论。
“这类实验很容易增强致病性或传播性，”马西说。“这简直是在玩火。”
疫情后：风铃现场测试
记录还包括疫情初期起草的一项提案，重点关注SARS-CoV-2最具争议的特征之一：其呗仁裂解部位。
2020年初，Baric和Li提出实验，将该切割位点插入RaTG13——与SARS-CoV-2最为密切相关的蝙蝠冠状病毒——以及影响刺突结合和病毒进入的突变。
目标是测试这些变化是否能让病毒感染新物种，或使其更容易感染细胞。
研究人员承认，这类工作可能需要根据潜在大流行病原体护理与监督（P3CO）规则进行额外审查，该联邦框架是在功能获得资金暂停后实施的。
他们建议在严格的生物安全条件下进行实验，同时开展旨在削弱病毒的功能丧失研究。
但提案也明确指出了科学家们对突变可能带来的影响。
研究人员写道：“我们预计，将风铃切割位点插入RaTG13可能会增强病毒感染和引发活体疾病的能力。”
记录显示的内容
新披露的文件并未证明SARS-CoV-2是被设计或从实验室逸出的。
但这些报告提供了当代证据，表明研究人员和联邦官员在疫情爆发前多年就已如何思考冠状病毒工程。
NIH评审员警告称，改造刺突蛋白可能会产生“新颖且意想不到”的病毒性状。科学家们争论这些实验应该走多远。多个资助项目中出现了重塑受体结合或切割位点的提案。
到疫情爆发时，甚至在DEFUSE被否决之前，调校冠状病毒进入人体细胞的工具和科学概念已不再是推测性的。这些提案已经被提出，在联邦监督信中被辩论，并通过国际合作实验室网络进行推进。
刘易斯·坎布是美国新闻机构的调查记者。知情权。他是NBC新闻首位全国性的FOIA记者，并在《西雅图时报》工作近十年，期间参与报道团队，因揭露波音737 MAX坠机事故背后的失败而获得普利策奖。
