内战展开:国民政府连胜不止（1946年-1947年9月）
1946年3月至1947年3月，国共双方边打边谈，在东北、中原、华北等处展开争夺。1946年一月停战令之后，军事冲突暂息数月；同年3月，苏联自东北撤军，中国共产党随即迅速占领重要据点并阻止国军北上，导致4月时东北发生大规模军事冲突。六月停战令前后，山东和中原地区再度爆发冲突，中国共产党将此视为全面内战起始点。同年11月15日，在共产党与民盟的抵制下，国民党与青年党、民社党等召开制宪国民大会，并于该年12月25日通过《中华民国宪法》。与此同时，国民党调集三路兵力，集结在陕甘宁边区和延安周围。国民党为迎接制宪国大，下达了第四次停战令，但对军队无实际约束力。11月19日，周恩来所率的中共代表团结束了与国民党进行了一年多的和平谈判，返回延安。
1947年1月初，国民党应美国特使乔治·卡特莱特·马歇尔要求，先后三次呼吁中共举行圆桌会谈，解决两党争端。中共认为国民党没有诚意，中共南京代表陆定一回应，“废除伪宪法（指中华民国宪法）和恢复1946年1月31日军事位置，是恢复和谈的最低限度”[24]。国共谈判破裂。1月29日，美国政府决定终止对军事调处执行总部的关系，放弃国共调处工作，退出三人会议，迅速撤退了美方派驻军调部的人员。次日，国民党政府宣布解散三人小组及北平军调部。2月3日，美国驻延安联络团人员撤离。6日，北平军调处执行部美军人员撤退。2月底，国民党下令在南京、上海、重庆之中共留守处代表于3月5日前撤离首都卫戍司令部，淞沪重庆警备司令，分别致电函京沪渝中共代表，所有中共人员限期全部撤退[25]，并关停重庆《新华日报》社。3月7日，董必武率中共代表团返回延安。
1947年3月15日，中国国民党第六届中央执行委员会第三次全体会议在南京开幕。[26]:8312蒋介石主持，出席中央委员146人，候补中央委员46人，列席各地党部及三民主义青年团书记长68人；蒋致开幕词，称“中共全面叛乱……政治解决的途径已经绝望……政府为捍卫国家统一，保障人民安全，当然不能坐视变乱而不加制止……我敢断定，决没有任何力量能阻止我们建国工作的完成。”[26]:8312同时声称实行“民主”，“结束训政”，“改组政府”。[26]:83123月17日，参谋总长陈诚向三中全会报告军事，历述一年来建军、复员、整军工作之情形及对中共之军事情况，称：“剿匪绝对自信，绝对有把握”，“剿匪应以军事为中心”，“如果真正作战，只需三个月即可击破共军主力…… 政府用兵之目的在于平定叛乱，非至共军全部解除武装不止。”[26]:83143月24日，中国国民党第六届中央执行委员会第三次全体会议闭幕，并发表宣言，宣称中国国民党之任务为：完成宪政准备，确立建国规模；消除统一障碍，巩固国家基础。[26]:8320至此，国共两党第二次合作彻底破裂。
1947年3月至9月，共产党军队处于守势，宁可丧失棺内所有根据地，也要死守东北；国军则向中共控制区进攻，攻占中共不少城市。由于解放军采取运动战打击国军，国军屡受打击，还要分兵把守占领城市，机动兵力日益不足。
1947年，中共军队抛弃国军番号，陆续改称为中国人民解放军（简称解放军）（国民党方面则称为“共军”）。
转捩点:小三大战役
尽管大众普遍认为国共内战的关键在于三大战役，但有一派学说(如袁浩)认为导致双方命运翻转的原因在于“小三大战役”(四平街会战、晋中战役、豫东会战)。
小三大战役后，中共靠着高恢复力与高生产力，转守为攻；反观国民政府则自此遭到逆转。
战局逆转（1947年9月-1950年4月）
1947年9月至1948年9月，解放军开始展开主动攻势，在东北将国军压缩至几个孤立城市，在中原地区则拥有优势地位，对首都南京所在的华中地区形成压迫，国共双方的武力优势逐渐反转。1948年秋季，解放军在东北、华东、华北三个方向发动战略决战，即辽沈战役、淮海战役、平津战役等三大战役，并取得全部三场战役的胜利。在三大战役中，国军总兵力损失150万人以上，精锐兵团几乎全军覆没，长江以北的地区几由共产党所控制。
前苏联克格勃将军苏多柏拉托夫在其1994年出版的个人回忆录《特殊使命》一书中说，苏联在1948年中国人民解放军发动辽沈战役、淮海战役、平津战役、渡江战役这些战略进攻行动期间特意引发“第一次柏林危机”，是斯大林和毛泽东共同协商而做出的一个重大战略计划，他们想以此转移美国对中国国共内战的战略注意力，将美国的援助重心牵制在欧洲，减少美国对敌视共产党的蒋介石领导下的国民党军队的援助力度。[27]
另一方面，国民党政府在1947年国民大会代表选举与1948年立法委员选举后行宪，由国民大会选出蒋中正、李宗仁为首任总统、副总统，将国民政府改组为一府五院的中央政府，并在该年9月实施金圆券等经济改革措施，以企图挽救民心。但金圆券在同年底即告失败，造成中国国民党统治区内急速通货膨胀，使经济情势更加混乱。
1949年1月21日，面对军事与经济上的失利，蒋中正宣布引退，副总统李宗仁出任代总统。李宗仁接任后，有意与中国共产党停战。4月，国共双方在北平举行和平谈判，但中国国民党无法接受共产党所提出几近投降的国内和平协定，谈判遂于4月20日宣告破裂。北平和谈失败后，解放军随即发动渡江战役，攻下南京、上海等中部大城，并在接下来的几个月内拿下华中与华南大部分地区，国军则不断向东南沿海与西南撤退。10月1日，中国共产党在北平（后复名北京）建立中华人民共和国；中华民国政府则相继播迁至广州、重庆、成都等城市，最终于该年12月撤退至台湾。
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