辣椒虽然富于营养，又有重要的药用价值，但食用过量反而危害人体健康。因为过多的辣椒素会剧烈刺激胃肠粘膜，使其高度充血、蠕动加快，引起胃疼、腹痛、腹泻并使肛门烧灼刺疼，诱发胃肠疾病，促使痔疮出血。因此，凡患食管炎、胃肠炎、胃溃疡以及痔疮等病者，均应少吃或忌食辣椒。由于辣椒的性味是大辛大热，所以火眼、牙疼、喉痛、咯血、疮疖等火热病症，或阴虚火旺的高血压病、肺结核病，也应慎食。
痔疮患者如果大量食用辣椒等刺激性食物，会刺激胃肠道，使痔疮疼痛加剧，甚至导致出血等症状，痔疮患者应多饮水，多吃水果，少吃或不食辣椒。
红眼病、角膜炎等眼病患者吃辣椒会加重眼病。在治疗过程中，大量食用辣椒、生姜、大蒜、胡椒、芥末等辛辣食品，也会影响疗效。
患有慢性胆囊炎者应忌食辣椒、白酒、芥末等辛辣食物，因为这些食物均有刺激胃酸分泌的作用，易造成胆囊收缩、诱发胆绞痛。
吃辣椒虽能增进食欲，但肠胃功能不佳者食用辣椒，会使胃肠黏膜产生炎症，应忌食辣椒。
有发热、便秘、鼻血、口干舌燥、咽喉肿痛等热症者，吃辣会加重症状。
产妇在产后一周内，吃辣椒不但使自己“上火”，出现大便秘结等症状，而且还会影响婴儿，使婴儿内热加重。
患者口腔对咸、辣、酸、苦等味道敏感，吃辣椒会加重疼痛。
