1997年,饶毅证明脊椎动物的双眼来源于同一前体区域(眼形态发生场)。1999年,饶毅发现神经纤维导向的排斥性导向分子Slit,并发现Slit可以作用于包括白细胞在内的多种细胞。解析了排斥性和吸引性导向蛋白发生作用的细胞内信号转导机理。2004年后饶毅研究行为的分子和细胞机理,
- 1999年,蒲慕明、吴建屏、鲁白、梅林、饶毅建立中国科学院上海神经科学研究所。
- 2000年,饶毅和吴家睿创立BIO2000研究生课程。
- 2002年,德国科学家施瓦茨和饶毅创建中国科学院上海交叉学科研究中心。
- 2004年,王晓东、邓兴旺和饶毅建立北京生命科学研究所。
- 2007年,饶毅任北京大学生命科学学院院长。
- 2013年,饶毅卸任北大生科院院长[2]。
- 2013年,饶毅任北京大学IDG/麦戈文脑研究所所长。
- 2016年,饶毅任北京大学理学院院长。