阎颜之争了断科普篇--有图有真相.

本帖于 2019-05-19 03:58:08 时间, 由普通用户 SwiperTheFox 编辑

阅读了颜宁三篇论文特别是有关机理部分的讨论,论文引用的某些文献,以及阎的博客文章后得出以下结论:

1. 从阎润涛的角度看,他是很有理由不服气的. 特别是在发现转运蛋白经典论文之前. 

2. 如果我们生活在绝对真空, 也许象脖子粗所说的一样"引最好,不引不是罪". 但是我又查阅了自然杂志引文规定,得出结论: 颜宁直接引用阎润涛的文章几乎是不可能的.

为什么这么说? 从科普开始, 兼谈糖转运蛋白机理中公子,小姐与丫环的感情婚姻纠葛

第一部分: 转运蛋白经典机理与颜宁的贡献.

 

上图以 转运蛋白工作的经典机理为框架(Alternating Access Model ), 展示了葡萄糖转运蛋白的爱情轮回. 原论文是:Jardetzky在1966年发表的经典论文, 也是颜宁回复质问的引文.   我查阅了好几篇有关转运蛋白结构与转运机理的论文, 都引用这篇文章.  这似乎是这个领域的惯例.  颜宁也不例外, 除2012年论文因着重讲结构以外, 2014年与2015年讲机理的论文都引用了该文, 并特别指出:"All MFS transporters are thought to transport substrate using the alternating access mechanism“ . 

颜宁最醒目的贡献是在结构: 即所谓50年的难题: 结晶GLUT1. 这里只谈她对机理的贡献.

1. 她发现了一个XylE与GLUT1-4独特的蛋白域ICH (途中红色虚线圈住), 阐述了其作为门拴的功能. 并预测"约会"的状态是GLUT1的常态(Default).

2.  GLUT1与XylE有一点不同:GLUT1是uniporter是葡萄糖小姐一个人嫁过来的情况。  XylE是H-Symporter,  葡萄糖嫁过来时还带了个丫环(氢离子)。   而且离婚的时候, 公子哥不放丫环是不能回到单身与约会状态的。 

这里要强调一下颜宁研究机理的手段

1。 各种姿势摆拍: 单独看一个蛋白质结构可以猜测但无法验证运动机理。  颜宁与其它实验室让转运蛋白用各种姿势摆拍: 约会时拍一张,滚床单拍一张,结婚拍一张, 单身拍一张。 而且不止拍一张, 还用各种不同小姐纠结时拍,以研究其运动机理。

2。 功能性试验: 用各种蛋白质突变(有的是自然界存在的病态突变, 有的是设计的突变), 类似于阎文的方法。 但这种方法似乎是科学届常规手法,非阎所独有。

3。 动力学实验 : Counterflow Experiment (希望我没有理解错)

总之颜宁没有单独依赖固定的晶体结构来推导机理。

 

第二部分: 颜宁该不该引用阎文.

1。喇叭门是谁的专利(这里纠正脖子粗:喇叭口更确切,这是整个蛋白的形状,你说的螺旋门是一个TM的形状,具体见此帖)?  阎在PNAS讨论机理时说他的模型是受50年代结构动力研究的启发, 而且没有引用上述1966年的经典论文,再看阎的第一篇博文与他老师用板尺演示交流的样子。 我善意地推测, 阎独立地发展了the Alternating Access Model。 可惜晚了27年。 如果他没有在细胞杂志里引用1966年的经典论文,也许应该回去补上? 阎也许不知道1966年的经典模型与论文,所以看到颜宁发表的机理很生气,是可以理解的。

2。阎的专利:阎的专利如脖子粗文中描述的一样,是把TM7的三个功能区找出来了, 与阎2015年可以被晶体模型化学解释。 但颜的晶体模型包含了整个蛋白的化学解释, 对TM7的描述就比阎完整。而TM1, TM5, TM8和 TM10的描述阎的根本就没研究。 

如果生活在绝对完美的真空, 我们也许有空间要求颜宁回去把2阎的专利补上, 但是Nature 要求引文不超过50篇。颜宁的三篇论文篇篇引满50篇,要引用阎就必须把别的引文踢走,现在不是颜文与阎文在绝对意义上有没有重合的问题,而是阎文与其它论文比谁更重要的问题。 各位专家,如果你读了颜宁的三篇论文,你觉得应该把哪篇论文踢走吗? 比如1966年的经典论文?   

自然杂志引文规定. 

https://www.nature.com/nature/for-authors/formatting-guide

所有跟帖: 

引满50篇,就是不把模型理论基础引上,就是浑水摸鱼吧 -2017wx- 给 2017wx 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/18/2019 postreply 09:31:58

引文避重就轻,但是打擦边球老阎很难申诉。我理解50年第一人的说法是事后电视里吹牛,不是文章里写的,没抓到现行。 -自然- 给 自然 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/18/2019 postreply 09:36:15

我昨天已经澄清了50年难题的问题, 见 -SwiperTheFox- 给 SwiperTheFox 发送悄悄话 SwiperTheFox 的博客首页 (114 bytes) () 05/18/2019 postreply 09:38:02

你一外行能澄清个啥呢?我看你还是别给偶像添乱了,此事冷处理为上,炒作为下,你不是小颜的假粉实黑吧? -自然- 给 自然 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/18/2019 postreply 09:49:27

基础模型理论是1966年的经典, 比阎早了27年。 -SwiperTheFox- 给 SwiperTheFox 发送悄悄话 SwiperTheFox 的博客首页 (0 bytes) () 05/18/2019 postreply 09:37:04

老阎解释过,66年的模型和这个争论的点无关。你也是外行,老阎算够耐心的。 -自然- 给 自然 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/18/2019 postreply 09:46:31

again这不是我个人的意见, 见楼上引文。 -SwiperTheFox- 给 SwiperTheFox 发送悄悄话 SwiperTheFox 的博客首页 (0 bytes) () 05/18/2019 postreply 09:52:04

如果1966年经典论文不应该作为颜宁研究的基础,那会是颜宁论文的严重错误。 -SwiperTheFox- 给 SwiperTheFox 发送悄悄话 SwiperTheFox 的博客首页 (392 bytes) () 05/18/2019 postreply 09:56:56

如果阎润涛认为颜宁与他的模型不应该用经典模型表示,那请老阎 -SwiperTheFox- 给 SwiperTheFox 发送悄悄话 SwiperTheFox 的博客首页 (155 bytes) () 05/18/2019 postreply 10:42:34

本人不做这方面的研究,但凭感觉老阎这方面吃了闷亏。因为审稿者肯定是搞结构的人,而不是搞机理的。事情也只能这样了,只要小颜的工作 -FollowNature- 给 FollowNature 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/18/2019 postreply 11:06:00

第一,如果你不知道审稿人是谁,“肯定”二字应该慎用。 -SwiperTheFox- 给 SwiperTheFox 发送悄悄话 SwiperTheFox 的博客首页 (362 bytes) () 05/18/2019 postreply 11:14:49

问什么要把1966文和阎文对立起来,为什么不能两篇都引? -microfirm- 给 microfirm 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/18/2019 postreply 12:47:46

第一,1966年模型在先,而且为公认的权威,有“专利”的地位。 -SwiperTheFox- 给 SwiperTheFox 发送悄悄话 SwiperTheFox 的博客首页 (483 bytes) () 05/18/2019 postreply 12:53:24

那就得看相关性了 -microfirm- 给 microfirm 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/18/2019 postreply 12:58:36

对啊,所以我在文末问,有哪位专家评判一下,阎的论文能把哪一篇已引的论文踢下去? -SwiperTheFox- 给 SwiperTheFox 发送悄悄话 SwiperTheFox 的博客首页 (0 bytes) () 05/18/2019 postreply 13:01:22

这个同意 -microfirm- 给 microfirm 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/18/2019 postreply 13:03:53

本人是不能用肯定。只是推测。阎的争论也是。你的推论也是。真相只有当事人及参与人知道。你写这么多,难道是作者之一? -FollowNature- 给 FollowNature 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/18/2019 postreply 11:32:00

科学的真相不在发表的论文里,难道还在网上博文的八卦里? -奔流12959- 给 奔流12959 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/18/2019 postreply 11:41:56

这么说来,科学的评价也不在电视采访和微信里啊。各人有权找地方发言,别只许一方造势,遇到于己不利的反应就跳脚。 -自然- 给 自然 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/18/2019 postreply 11:54:38

你到底是在寻找真相,还是只关注八卦热点。 -奔流12959- 给 奔流12959 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/18/2019 postreply 12:24:45

你和狐狸俩外行能寻出什么真相?真相留给专家吧。但就辩论而言,双重标准是不行的。 -自然- 给 自然 发送悄悄话 (577 bytes) () 05/18/2019 postreply 12:53:12

看不懂你逻辑,我的标准一直是已学术文章为依据。另外,请别给我乱塞偶像,消受不起。你的八卦网品可见一斑。 -奔流12959- 给 奔流12959 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/18/2019 postreply 13:13:50

小颜能上电视和微信上宣传学术成果,老阎当然可以在文学城和博客发言自辩。你忠诚度够,但辩论技巧太差。 -自然- 给 自然 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/18/2019 postreply 13:22:54

作为旁观者,老阎小颜做网红和我有啥关系?我只强调无关哪一方,学术辩论都该依据学术文章的论据和科学思维的逻辑。无意和你八卦,跟你最 -奔流12959- 给 奔流12959 发送悄悄话 (380 bytes) () 05/18/2019 postreply 13:30:14

双重标准。你方外行狐狸读不通还下结论你说是“有科学思维逻辑”,他老阎自己申辩难道就不是了? -自然- 给 自然 发送悄悄话 (391 bytes) () 05/18/2019 postreply 13:46:07

科学本身的问题从论文里找答案--没有主观的成分。 唯一猜测的部分 -SwiperTheFox- 给 SwiperTheFox 发送悄悄话 SwiperTheFox 的博客首页 (89 bytes) () 05/18/2019 postreply 11:53:51

我说的真相是小颜是否看过阎的论文?是否得到启发? -FollowNature- 给 FollowNature 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/18/2019 postreply 11:51:00

1。这个除了颜宁自己,谁也无法回答;2。即使有启发  -SwiperTheFox- 给 SwiperTheFox 发送悄悄话 SwiperTheFox 的博客首页 (301 bytes) () 05/18/2019 postreply 11:57:24

如果能证明这样的启发是唯一来自于老阎,当然必须引用。可惜现在狐狸的研究结果不是这样的。 -奔流12959- 给 奔流12959 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/18/2019 postreply 12:17:43

我也是看到论坛上阎的博客和网友说到这篇论文才特别注意的:) -SwiperTheFox- 给 SwiperTheFox 发送悄悄话 SwiperTheFox 的博客首页 (0 bytes) () 05/18/2019 postreply 12:21:57

对生物技术我是个门外汉,不过好歹受过几十年科学工程思维训练。佩服你的钻研和细致。 -奔流12959- 给 奔流12959 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/18/2019 postreply 12:27:13

谢谢你的鼓励。 -SwiperTheFox- 给 SwiperTheFox 发送悄悄话 SwiperTheFox 的博客首页 (0 bytes) () 05/18/2019 postreply 12:34:11

怎么转而进攻老阎不引1966了?是不是说老阎不引1966, 颜就可以不引老阎呢 -microfirm- 给 microfirm 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/18/2019 postreply 12:53:04

第一,阎引不引1966论文,我都没意见(只是按照阎的逻辑是应该引) -SwiperTheFox- 给 SwiperTheFox 发送悄悄话 SwiperTheFox 的博客首页 (452 bytes) () 05/18/2019 postreply 12:57:51

如果被引的其它文章比阎的文章方法原理等等更相关那就不应该引,否则就该引,内行应该能看出来 -microfirm- 给 microfirm 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/18/2019 postreply 13:02:59

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