愤愤不平的老阎

来源: 脸红脖子粗 2019-05-16 14:16:04 [] [旧帖] [给我悄悄话] 本文已被阅读: 次 (7904 bytes)
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昨天我把精力放在了他1993年发表在Cell上的文章,读过之后发现没有特别值得与颜宁的研究较劲的内容。 今天读了他两年后1995年发表在PNAS上的文章, 才发现奥妙原来在此。 他cell 上的论文只是刚触及关键点(阎颜的关键点)就收场了, 只在discussion 部分做了一些推测。 2年后的PNAS文章才是围绕这个蛋白的转运做了完整的实验。 

先介绍一点背景, 

这是葡萄糖载体蛋白在细胞膜上的结构示意图, 1985年发表在 science 上。 上下代表细胞膜两侧,中间为细胞膜,这个蛋白在细胞膜上穿插12次。 在第6和第7转膜区域之间有一个环状氨基酸序列, 最右侧有一个开放的短链。这只是平面示意图,实际上是这个样子的。

取自颜宁论文

 

 这个领域的人就是想知道这样一个蛋白是怎么把葡萄糖从一侧搬到另外一侧的。这是一种主动搬运, 而不是被动扩散过程。 那么这种搬运中的搬运工膜蛋白分子与被搬运物体葡萄糖之间是怎么从相识到相爱(结合)到滚床单(被搬运)到离婚(搬运之后释放出来)的呢?

找到哪些个氨基酸通过什么样的构造变化和分子的相互作用完成了这个搬运过程, 这就是所谓的功能机制(机理)研究。  老阎的研究方法就是把特定部位的氨基酸破坏掉(换一种别的氨基酸), 挨个测试哪个氨基酸被替换掉之后, 这个搬运过程受到影响, 以此来推断那些重要的功能区。 

老阎的研究发现了在第7跨膜区的一个氨基酸位点C265可以接触到细胞膜外的底物(葡萄糖,或者其它类似物),也可以接触到细胞膜内的底物, 随后他又把转膜7区的所有氨基酸每个都破坏一遍,发现了261-264 区只能与膜内的底物结合, 282-286区只能与膜外底物结合, 最有意思的是265-276区可以与膜两面的底物结合(此处是重点)。 他认为内外两侧的氨基酸序列不能互相接触到对方的底物, 而中间的区域相当于一个管道,可以两边轮回, 从外往里搬或者从里往外搬,一次一个。 

取自阎文

老阎提出了一个螺旋轮模型 (helical wheel) 不知道他为啥一直宣传喇叭口,而没提到这个螺旋轮, 螺旋轮更酷吧? 

取自阎文

以上大概就是老阎的机理

下面简单谈谈颜宁的研究, 她把葡萄糖进入载体后载体是怎么发生构型变化, 哪些氨基酸的那些基团与葡萄糖的基团之间用化学键的方式接触,转运研究清楚了。

 

 

拷贝一段论文内容,

Six polar residues from the C-terminal domain, including Gln280 and Gln281 on TM7a, Asn286 on TM7b, Asn315 on TM8, Glu378 on TM10a, and Trp386 on TM10b, contribute eight hydrogen bonds to coordinate D-glucose. With respect to the N-terminal domain, D-glucose is closer to TM1 and TM5. Gln159 on TM5 is the only polar residue from the N-terminal domain that engages in hydrogen bonding to D-glucose (Fig. 2d–f).

The α- and β-D-glucose anomers are similarly coordinated by GLUT3 except for the variation at C1-OH (Fig. 2e, f). The α- and β-C1-OH are recognized by Trp386 and Gln280, respectively. The ring oxygen and C1-OH in both anomers are hydrogen bonded to the side group of Gln159. The C2, C3 and C6 hydroxyls are each coordinated by two hydrogen bonds, including those between C6-OH and Asn315 and Glu378, C2-OH and Gln280 and Trp386, and C3-OH and Gln281 and Asn286. The C4-OH forms a single hydrogen bond with Asn286 (Fig. 2e, f). In addition to the polar interactions, the carbon backbone of the sugar ring is surrounded by hydrophobic residues including Phe24 on TM1, Ile162 and Ile166 on TM5, Ile285 and Phe289 on TM7b, and Phe377 on TM10b (Fig. 2g). A monoolein molecule was found to participate in hydrogen bonding with D-glucose. Although the monoolein molecule should be physiologically irrelevant, similar indirect hydrogen bonds between glucose and polar residues may be mediated through water molecules under physiological conditions

不具体翻译了, 你们能看到很多化学符号, 就是精确到分子原子化学键。

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老阎的机理是确认了氨基酸的功能区, 具体说就是转膜7 区可以分成三个功能段。颜宁的研究在化学水平上解释了功能。

无疑老阎的研究是有开创性的,但任何研究都受到技术制约。 老阎说自己的研究已经解决了这个蛋白的机制就是过于搞笑了(虽然他已经删掉了不少过头的话) 。 科学是没有止境的,机理也没有止境。

颜宁的研究人的, 你研究杆菌的, 虽然有同源性和类似性, 但她的研究并非以你的研究为基础, 她的研究不必须借用你的模型, 虽然参照你的研究对她解析构造有帮助, 但她可以不承认, 因为没有证据证明她必须依赖你的研究, 平行线有没有。

老阎说小颜用的是木乃伊, 他用的是活蛋白, 人家用的也是多个晶体构造有没有, 可以看到不同状态的定格, 电影和现代数码不都是定格连成串吗? 贬低一个被广泛认可的新技术之前最好先了解这个技术。

颜宁没有引用老阎的论文,可能涉及时间跨度,平常没注意到,或者是小颜关注人的, 而老阎做的是菌, 尽管这些蛋白构造和功能一致。 当然也存在故意忽略 (这也是老阎最气愤的地方)。  我认为引用最好, 因为两个研究的确有很好的呼应。但没有引用到也不是什么罪,  因为颜文并非建立在阎文的基础之上, 两者并无依附关系。

老阎说小颜如果提到他的文章和研究结果, 那nature就会拒掉她的论文, 这点建议老阎先好好研究一下晶体衍射技术方面的专业知识再下结论。

很多人把自己的工作想得很难, 把别人的工作想得过于简单,这是一个误区。

 

最后为老阎的研究点赞, 也劝你没必要纠结。 好好写你的科普文, 喜欢你的博客人海量。 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

所有跟帖: 

即使颜没借用润涛工作,不是完全同一个蛋白,但既然他们发现的有重叠部分,那这部分颜还是应该引用润涛工作。 -trendspike- 给 trendspike 发送悄悄话 (158 bytes) () 05/16/2019 postreply 14:33:08

与这两个蛋白功能相似的多了去了,颜引用了与她直接相关的几个蛋白的晶体结构。   -SwiperTheFox- 给 SwiperTheFox 发送悄悄话 SwiperTheFox 的博客首页 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 14:37:33

现在讨论机理,不是结构。假如颜发现的机理跟阎95年那篇文章重叠之处,颜是需要说明的。 -trendspike- 给 trendspike 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 14:40:42

外行看,还真是抄袭了老阎的思维, -wineberry- 给 wineberry 发送悄悄话 (137 bytes) () 05/16/2019 postreply 14:33:58

我觉得有理有据的辩论很好。 -海洋蓝- 给 海洋蓝 发送悄悄话 海洋蓝 的博客首页 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 14:38:53

脸红脖子粗写的很不错。 -wineberry- 给 wineberry 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 14:40:59

嗯,今天全都翻了翻,前面有一两个提反面意见的人态度也很认真。但是需要说服对方是需要同一领域的人才能真正理解。 -海洋蓝- 给 海洋蓝 发送悄悄话 海洋蓝 的博客首页 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 14:42:57

是的。外行看热闹。 -wineberry- 给 wineberry 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 14:43:48

这种辩论不常见,咱们吃瓜群众要支持一下。 -海洋蓝- 给 海洋蓝 发送悄悄话 海洋蓝 的博客首页 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 14:45:19

问问脸红脖子粗:做这个晶体结构需不需要阎文提出的知识?  -SwiperTheFox- 给 SwiperTheFox 发送悄悄话 SwiperTheFox 的博客首页 (95 bytes) () 05/16/2019 postreply 14:40:50

老阎的思路很关键,颜也很聪明,聪明人看到 -wineberry- 给 wineberry 发送悄悄话 (44 bytes) () 05/16/2019 postreply 14:42:55

做实验肯定不需要, 但在解析衍射结构时,老阎的研究可能会提供帮助,甚至大帮助, 也可能没帮助。 我不知道。 -脸红脖子粗- 给 脸红脖子粗 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 14:46:54

没看到我们的动态模型,颜宁是无法确定动态模型就是这样的,因为衍射是结晶不动状态,而非动态 -润涛阎- 给 润涛阎 发送悄悄话 润涛阎 的博客首页 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 15:57:11

结构出来后,怎么知道就是那个区域的原子分子是起到搬运作用的?难道X光图里正好显示有糖分子在那个地方?晶体的每个周期结构里都有一个 -桃花源主- 给 桃花源主 发送悄悄话 桃花源主 的博客首页 (450 bytes) () 05/16/2019 postreply 15:59:32

改一下我的回帖纠正主贴一个错误: 脖子粗描述的是一个跨膜区(TM7) -SwiperTheFox- 给 SwiperTheFox 发送悄悄话 SwiperTheFox 的博客首页 (722 bytes) () 05/16/2019 postreply 14:35:20

TM7 和 C-terminal 是最关键的。 -脸红脖子粗- 给 脸红脖子粗 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 14:40:35

颜宁论文后面有三个视频, 可以直观的看到蛋白结构变化和受体移动, 可是没法贴上来 -脸红脖子粗- 给 脸红脖子粗 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 14:39:32

这个视频咋回事? -trendspike- 给 trendspike 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 14:41:21

附在论文后面的, 文学城只支持油管视频 -脸红脖子粗- 给 脸红脖子粗 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 14:43:32

-黄玫瑰888- 给 黄玫瑰888 发送悄悄话 黄玫瑰888 的博客首页 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 15:13:06

抄袭这词确实不准确。 -trendspike- 给 trendspike 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 15:28:05

完全同意 -祖母绿珠儿- 给 祖母绿珠儿 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 16:51:10

视频是模似,也就是猜测。不是实验。需动态生化实验反应才能确定吧? -桃花源主- 给 桃花源主 发送悄悄话 桃花源主 的博客首页 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 16:02:35

我也认为是模拟的。 -trendspike- 给 trendspike 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 16:15:14

这有个小颜的视频, 与这篇文章有关, 有兴趣的可以看看 -脸红脖子粗- 给 脸红脖子粗 发送悄悄话 (285 bytes) () 05/16/2019 postreply 14:42:39

搞生物的看看这个视频,应该就有自己的结论了。谢谢! -星星光- 给 星星光 发送悄悄话 星星光 的博客首页 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 17:46:45

哪你再仔细一点,老阎的C265在小颜的文章的什么位置,有什么关联吗? -5678910- 给 5678910 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 14:43:32

不是一种蛋白, 具体位置并不一致, 只是框架一样, 作用机制有一致性 -脸红脖子粗- 给 脸红脖子粗 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 14:44:59

对呀,小颜的蛋白里就不存在老阎的那个氨基酸,还引用他不是给自己添堵吗? -5678910- 给 5678910 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 14:47:37

他纠结的是对整个TM7 和 C-terminal, 这两个domains 起了关键作用,发挥开关转运作用,这是老阎论文的中心 -脸红脖子粗- 给 脸红脖子粗 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 14:53:34

这两个domain 是可活动的,其他的都被固定住了,搞这个的肯定都集中在这里 -5678910- 给 5678910 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 14:58:10

晶体衍射盯着葡萄糖, 周围哪个与其互动, 是可以看到的吧, 需要特别集中? 还是明摆着在那? -脸红脖子粗- 给 脸红脖子粗 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 15:02:06

老阎可没有研究互动,他是根据前任的序列推断功能 -5678910- 给 5678910 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 15:07:00

难道每个晶胞里都有一个糖分子在进口处或者在出口处?蛋白晶体口中含着糖? -桃花源主- 给 桃花源主 发送悄悄话 桃花源主 的博客首页 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 16:07:08

你这个变成用衍射拍三维电影了,搞笑吧?你了解晶体光衍射原理吗? -桃花源主- 给 桃花源主 发送悄悄话 桃花源主 的博客首页 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 16:09:03

s -雨女- 给 雨女 发送悄悄话 雨女 的博客首页 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 14:47:35

搞清楚了以后为糖尿病的药物开发提供了依据 -5678910- 给 5678910 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 14:48:43

s -雨女- 给 雨女 发送悄悄话 雨女 的博客首页 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 14:53:19

都在找小颜看到了一颗树,老阎研究了一片树叶 -5678910- 给 5678910 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 14:54:59

搞清楚了就为人工设计合成药物指明了方向 -脸红脖子粗- 给 脸红脖子粗 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 14:54:43

简单总结一下你的话:阎用各种仪器猜了半天车盖底下发动机是怎么运作的 -SwiperTheFox- 给 SwiperTheFox 发送悄悄话 SwiperTheFox 的博客首页 (182 bytes) () 05/16/2019 postreply 14:50:37

老阎开始也没特别纠结, 只是看到颜宁的博客内容之后, 火大了 -脸红脖子粗- 给 脸红脖子粗 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 14:58:23

啥内容?我不知道 -SwiperTheFox- 给 SwiperTheFox 发送悄悄话 SwiperTheFox 的博客首页 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 14:58:54

外行看,二十多年以前老阎猜想并部分证实花栗鼠是怎么搬运松子的渠道, -wineberry- 给 wineberry 发送悄悄话 (86 bytes) () 05/16/2019 postreply 14:58:42

这个外行可真聪明啊! -SwiperTheFox- 给 SwiperTheFox 发送悄悄话 SwiperTheFox 的博客首页 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 14:59:38

纯外行赞你和其他几个人的认真态度,也顺便了解了一点点皮毛知识。还是很喜欢多看到你们这样的科普贴的。 -雲成章曰雯- 给 雲成章曰雯 发送悄悄话 雲成章曰雯 的博客首页 (207 bytes) () 05/16/2019 postreply 15:09:49

s -雨女- 给 雨女 发送悄悄话 雨女 的博客首页 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 15:11:43

是啊,难得能有这样的机会看到这么多藏龙卧虎出现在一起讨论严肃的知识性话题。也感谢中坦版主们的宽容。 -雲成章曰雯- 给 雲成章曰雯 发送悄悄话 雲成章曰雯 的博客首页 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 15:16:07

中坛,很多年以来,一直就没有少过 -甜酒甜- 给 甜酒甜 发送悄悄话 甜酒甜 的博客首页 (350 bytes) () 05/16/2019 postreply 15:23:51

脖子粗有认真态度,也客观对待事实。 -trendspike- 给 trendspike 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 15:15:20

是,非常同意! -雲成章曰雯- 给 雲成章曰雯 发送悄悄话 雲成章曰雯 的博客首页 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 15:17:33

我的博文还没介绍到这里呢。我没说过她抄袭啊。我在博文里说她用的不同的方法而非山寨抄袭我的。 -润涛阎- 给 润涛阎 发送悄悄话 润涛阎 的博客首页 (80 bytes) () 05/16/2019 postreply 15:26:29

你确实没说抄袭,这应该是脖子粗的无心之失。 -trendspike- 给 trendspike 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 15:29:01

外行人工点赞你在讨论这件事情上的公平公正 -甜酒甜- 给 甜酒甜 发送悄悄话 甜酒甜 的博客首页 (176 bytes) () 05/16/2019 postreply 15:34:47

老阎的回复非常平和, 颜宁的反应有些大 -wangtata- 给 wangtata 发送悄悄话 (530 bytes) () 05/16/2019 postreply 15:55:36

阎网友的博文主要是就事论事,而如果“颜教授的微博回复”是真实的,就有点顾左右而言他 因而把简单的一件事情变复杂了… -coinbycoin- 给 coinbycoin 发送悄悄话 coinbycoin 的博客首页 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 16:10:21

对不起! 是我记错了,删除了 -脸红脖子粗- 给 脸红脖子粗 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 17:45:02

里边最精彩的,你还没看到。我会在博客里介绍。在葡萄糖载体领域里给我们的评价:“detailed topological mode -润涛阎- 给 润涛阎 发送悄悄话 润涛阎 的博客首页 (86 bytes) () 05/16/2019 postreply 15:34:53

PNAS是详尽的工作机理,而Cell才是喇叭口模型的唯一机理。等我写文章后,你就看懂了 -润涛阎- 给 润涛阎 发送悄悄话 润涛阎 的博客首页 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 15:37:52

这两篇文章加在一起,才把活体蛋白的动态机理揭秘。而靠衍射“死”的蛋白推理,是间接的猜测活蛋白是怎么“动的” -润涛阎- 给 润涛阎 发送悄悄话 润涛阎 的博客首页 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 15:40:22

没看到我们的动态模型,颜宁是无法确定动态模型就是这样的,因为衍射是结晶不动状态,而非动态 -润涛阎- 给 润涛阎 发送悄悄话 润涛阎 的博客首页 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 15:54:03

您没说到要害。 -cowwoman- 给 cowwoman 发送悄悄话 (311 bytes) () 05/16/2019 postreply 15:55:23

我欣赏她的论文,是在她没读过我文章的前提下。你不懂科学,连中文都看不懂啊 -润涛阎- 给 润涛阎 发送悄悄话 润涛阎 的博客首页 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 15:59:42

老粗,麻烦您深入查一下 -旧日云中守- 给 旧日云中守 发送悄悄话 (1188 bytes) () 05/16/2019 postreply 16:06:28

同时查下那个门机理的发展历史。 -trendspike- 给 trendspike 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 16:22:11

有意思 -祖母绿珠儿- 给 祖母绿珠儿 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 16:49:43

越看就越有沽名钓誉的感觉,老阎得跟《Nature》说去,赶紧地 -MoonRiverMe- 给 MoonRiverMe 发送悄悄话 (0 bytes) () 05/16/2019 postreply 17:37:28

所以我认为对Nature文章和院士影响不大,如果是诺奖会有影响 -fish_fish- 给 fish_fish 发送悄悄话 fish_fish 的博客首页 (0 bytes) () 05/17/2019 postreply 15:42:37

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