毛泽东发动反右，最终目的是清党。

毛泽东发动“反右”的最终目的，如同以后反对右倾机会主义、四清运动和臭名昭著的文化大革命一样，都是为了打击党内的反对派。这批党内右派中，首当其冲的是不听中央号令的诸侯、地方主义分子和地方民族主义分子、党内有不同意见的知识分子和党内民主派。
反右运动划分为鸣放、反击、补课、处理四个阶段。很多人忽略了一九五八年反右补课运动，这一重要阶段。
一九五七年毛泽东槁“阳谋”，由外及里、自下而上，最后藉助社会上的反右请理门户，消涂党内隐患。反右补课表面上是在凑右派指标，完成毛泽东和中央反右领导小组层层下达和不断升级的定额。实际上旨在“清党”。 在“补课”阶段前的反击阶段，并没有把主要火力放在党内。
一九五七年反右一开始，毛泽东即己提醒他的战友：“请各地注意党内的鲨鱼”。但是党内有点置若罔闻。
七月二十八日《人民日报》社论“反右斗争是对于每个共产党员的重大考验”明确指出党内有资产阶级右派的“内应”。同月在青岛举行的省委书记会议上，毛泽东进一步挑明：“所有的人都要过社会主义关，某些老干部特别重要，其中有些人是过不去的。实际上这次整风在党内就是清党，但对下不说。”
毛泽东这种指导思想的背景就是国际共产主义运动的风云突变。一九五六年赫鲁晓夫在苏共二十大所作的反斯大林个人崇拜的秘密报告和安娜.路易丝.斯特郎的“斯大林时代”在中共党内高干中广泛流传。毛泽东的接班人、亲密战友和掌权高干中不少出身于知识分子，搞过学生运动和地下党，受过西方式的教育。他们的心底深处深埋着民主意识。毛泽东清醒地察觉，这些人便是他最大的敌人，远比党外右派危险、可怕。
反右补课旋即以清党为主，毛泽东称之为“清理混进党内的阶级异己分子”。
每次运动，毛泽东都是先发动群众，毛泽东待群众发动起来了，便立刻将斗争锋芒拨向真正打击的目标--睡在自己身边的赫鲁晓夫。毛泽东搞群众运动的手法一贯是打迂回战、包围战，扫清外围、攻其核心。反右运动从以民主党派、知识分子、青年学生、社会基层为主的外围开始。当群众发动起来外围扫清了，矛头即刻转向党内。 一九五七年五月十五日毛泽东在“我对局势的几点看法”的党内指示中写道：“党内右派知识分子约占（共产党总数）5-10%。”
无论是反右，四清，还是文化大革命，毛泽东玩的都是一样的把戏。他下面的，也是如此：
一九五八年十一月七日中共中央组织部红头文件“关于今后接受党员工作”指出，自一九五七年六月至一九五八年六月，党员总数共减少二十七万人。扣除自然死亡、划右以外的其他因素、因内控右派或中右而劝退及取消预备期的党员，分散在各行各业党员右派总数应在十八万至二十万之间，占五十五万二千八百七十七名官定右派中的33.55%至36.1%，在反右派运动中受整敕的党员数量之大、比例之高，正是至今秘而不宣的原因之一。 这个数字还不包括党内划的内控右派、中右分子，因为党内也和社会一样要划左中右。他们仅受除不开除党藉以外的其他党纪处分，对外保密，组织部门掌握。
乔冠华和杨献珍便是这一类人。
外交部部长助理乔冠华赞成实行美国国会两院制。部长陈毅说：“乔冠华是外交部右派的首领。是露骨的，彻头彻尾的反革命，足够定为右派。”
中共中央党校校长杨献珍起初一个右派也抓不出来，刘少奇警告他： “我看你就像个右派。”中央书记处撤了他的职，他只得让秘书马鸿模顶替他当右派。
大学中的年轻共产党员，更是右派的受害者，就说方励之，他那个班级，在反右的时候，有四个党员：倪皖荪，侯德彭，李淑娴 和方励之。在反右补课阶段，倪皖荪，侯德彭，李淑娴全被打成右派，只有方励之侥幸逃脱。