清顺治十五年(1658年),由浙江僧人白光、主峰来此创建。取名“归元”,出自佛经《楞严经》归元无二路,方便有多门”。归元即归真,就是超出生灭之界,还归于真寂本源的意思。在佛教中,归元寺属于曹洞宗(该宗系禅宗五家七宗之一),故又称归元禅寺。它与宝通寺、溪莲寺、正觉寺合称为武汉的四大丛林。
从1973年至今,归元寺进行了大规模的维修,大雄宝殿、藏经阁、五百罗汉堂、大士阁、钟鼓楼、翠微亭等建筑翻修一新。1983年,被***列为汉族地区佛教全国重点寺院。归元寺现占地面积17500多平方米,建筑面积为1万多平方米。
寺中最有观赏价值的要数罗汉堂和藏经阁。罗汉堂内供奉着神情肃穆的释迦牟尼、观音大士、文殊普贤等佛像和500罗汉像。尤其是500罗汉个个栩栩如生,起伏坐卧,喜怒哀乐,姿态各异,富有浓厚的生活气息,雕塑技艺极为精湛。藏经阁建筑伟丽,装饰典雅。阁内保存的贝叶真经、藏经及象牙、玉石雕刻、铜铸造像等,属佛教经典和珍贵文物。每年到归元寺的香客游人熙来攘往,香火旺盛。