蔡元培后来也与蒋介石分道扬镳了，也营救过很多革命友人。这些功绩和他参与清党策划都是真实的历史行为，不应否认。

说明蔡元培虽然待人温厚，可也是政治人物，有自己的原则和党派立场。不能因为他一生做了很多有功于革命和新文化的事就否认他历史上的污点。参与政治很难不弄脏了手，这就是政治斗争的代价。