凡將符合臺灣省行政長官公署頒布之規定,除技術人員、教師、醫師等必要留用之人,其餘日僑、繳械之日軍與遭撤職之臺灣總督府官員約有46萬,必須分批次由基隆港、高雄港、花蓮港搭船撤離臺灣。1947年發生228事件後,國民政府考量到臺灣局勢不穩,深憂親日之臺灣人可能會利用日本關係造次反抗,為避免節外生枝,將原本留用約有3至4萬的日本人引揚歸國,直到1949年才全數撤完。