部分蓝营人士对马英九处理达赖事件，没有先照会大陆，私下颇有微词。
包括高雄县市在内的台湾南部七县市宣布邀请达赖喇嘛来台访问安抚灾民。台湾总统府随即连夜开会审议。
马英九星期四（8月27日）在南投县灾区视察时向记者证实，政府已经同意达赖喇嘛来台。
达赖喇嘛预计将于8月31日到9月3日访问台湾南部。马英九说，达赖喇嘛将“为往生者超渡，为生存的灾民祈福”。
总统府发言人王郁琦随后在新闻发布会上表示，台湾欢迎世界各国宗教领袖来台从事宗教活动。
王郁琦说：“对这次达赖喇嘛来台，我们抱持立场是，他来台湾参加法会，为风灾中的罹难者进行超渡，为灾民祈福，这样活动我们表示欢迎。”
宗教名义
在台北的达赖喇嘛西藏宗教基金会董事长达瓦才仁早些时候向BBC中文网介绍说，邀请方希望达赖喇嘛能够为台湾灾区的死难者举办祈福法会。
达瓦才仁说，台湾发生风灾后，达赖喇嘛已经致函马英九，对死难者表示哀悼，对灾民表示慰问。西藏流亡政府也在达兰萨拉为台湾灾民举办了大型祈福法会。
不过，北京当局指责达赖喇嘛从事分裂西藏活动，并把任何国家或地区接待达赖喇嘛来访视为损害中国利益的“错误”行为。因此台北的决定可能会触怒中国大陆。
但是王郁琦说，两岸关系从去年马英九就任总统开始“有很多进展”，台北当局这次基于人道跟宗教考量欢迎达赖喇嘛来访，对两岸关系“应该不会有什么伤害”。
中国国务院台湾事务办公室发言人周四（27日）就台湾民进党部分势力邀请达赖喇嘛访台事表态。
中新网援引这位发言人的话说，达赖不是单纯的宗教人士，他打着宗教的旗号，一直在进行分裂国家的活动。无论达赖以什么形式和身份赴台，我们都坚决反对。
"险恶用心"
发言人指出，正当大陆各界纷纷伸出援手，倾力支持台湾早日战胜风灾，重建家园之时，民进党的一些人竟趁机策划达赖到台活动，显然不是为了救灾，而是试图破坏两岸关系得来不易的良好局面，这一险恶用心必将遭到两岸同胞的共同反对。
不过，发言人没有对马英九总统批准发给达赖喇嘛赴台签证作任何评论。
周四早些时候，马英九总统在南投勘灾时亲自证实，政府已经同意发给达赖签证，为往生者超渡，为生存者祈福。
台湾总统府发言人王郁琦也召开记者会强调，这个决策是政府内部所做出的决定。
他说，两岸关系从去年520开始，跟过去相比已经有很多进展，政府这次基于人道跟宗教考虑欢迎达赖喇嘛来台湾，对两岸关系应该不会有什么伤害。
宗教之旅
王郁琦表示，总统府26日得知南部县市首长邀请达赖喇嘛来台湾进行宗教活动后，就开会讨论，并对相关信息进行了解。
经过评估后，府方在26日晚间11时，决定对达赖来台湾从事宗教活动表示欢迎。
台湾立法院长王金平呼吁中共当局，应该站在人道的立场来看这件事。他说，灾民需要宗教力量的抚慰，而中共当局也应该多体谅。
国民党立委吴育升认为，此时的确适合达赖来台，但民进党千万不要假祈福之名，行促销台独、藏独之实。
不过民进党立委田秋堇却表示，达赖如果来台，对马总统反而有加分的作用。
田秋堇说，达赖的所有行程都完全公开，外界可以看看是否有政治性的活动。
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