南北曲所采用的音韵并不相同。

无论北曲或南曲开始都是习惯地用北方和南方当时当地的语言音韵，并没有通用的专门韵书。到了泰定元年（1324）秋，周德清撰《中原音韵》一书，分19部，没有入声，平声分阴阳，后来就被奉为北曲之韵。《中原音韵》把入声派入阳平、上声和去声，通常叫入派三声。注意入声没有派入阴平的，和普通话中入声也派入阴平不同。南曲到洪武八年（1375），乐韶凤等奉旨编成《洪武正韵》一书。分为阴声韵、阳声韵22部，入声韵10部，共32部，保留全浊声母，能代表当时的南方语音，此后南曲作者几乎都遵从这部韵书。