密宗是在释迦牟尼在世的时候就有了,据说它的祖师是维摩诘居士,当然这有点封建迷信的味道。不过现在一般认为,密宗的根本经典《金刚顶经》和《大日经》,在公元六七世纪就在印度流行了。
密宗到西藏和中土的时间,几乎是相同的,在公元八世纪左右。在西藏叫做藏密,在唐朝叫做唐密。当时在西藏,密宗和禅宗并行了很长一段时间,但是在藏王赤松德赞时期,西藏发生了一件很重要的事件,拉萨法诤。这主要是因为密宗的渐修法门和禅宗的顿悟法门,在佛法修行的观念上截然不同。为此赤松德赞主持了一场历时三年的双方佛法大辩论,最后密宗获胜,西藏全境摈弃禅宗,禅宗僧人在此次诤论之后也被全部驱逐出境。因此在西藏,密宗成为了最主要的佛教宗派。当然,西藏密宗里面也有不同的教派,比如说,格鲁派,宁玛派,噶举派,萨迦派等等。
而在唐朝的密宗也一度非常兴旺,后来唐密还传到了日本,分为了东密和台密,在日本发展得很不错,并在二十世纪传到了台湾。但是,在唐武宗会昌毁佛之后,密宗在中土几乎绝迹,而禅宗,天台宗,华严宗,净土宗,渐渐普及,并成为现在中国佛教的主流。
大陆密宗的恢复,是在清朝乾隆年间,因为福安康入藏,颁布《钦定藏内善后章程》,并带回了大量的密宗僧人入京。当然,后来还有东密的回流,以及最近二十年,西藏的很多密宗僧人到了内地传法。