方岱宁两度结婚，现任妻子是自己的博士生。她的前夫是方岱宁的博士后。
2022年10月9日，方岱宁在网络线上会议时被某女性猛亲，亲吻方岱宁时有学者正在提问：我们青年学者除了提升研究水平之外，还需要在哪些方面提升？
北京理工大学专门调查组于同年12月7日做出回应，会议视频中出现在方岱宁身边的女性为北京某公司职员
