2013年，聂卫平因短时间内暴瘦40多斤就诊于国家癌症中心、中国医学科学院肿瘤医院，并被确诊罹患了直肠癌，且已属晚期。

2013年11月5日，我国著名的大肠癌外科专家周志祥主任率领的团队为聂卫平成功实施了腹腔镜直肠癌根治＋预防性肠造瘘术。术后两周聂卫平出院，然后接受了化疗。直肠癌术后两年为复发高峰期，聂卫平术后定期复查无肿瘤复发迹象，而且肠镜观察结果提示吻合口愈合良好。

身体逐渐康复之后，聂卫平的身影重新活跃在国内的各类围棋活动中。2015年11月，他参加了由儿子孔令文策划的在芜湖进行的中日围棋擂台赛纪念赛。2016年1月下旬，他还和徒弟常昊搭档在一项名人双人赛中夺得冠军。

周志祥团队根据聂卫平的检查结果和身体情况，在2016年为他成功施行造口还纳术。聂卫平说：“这是一次重生！周志祥主任用精湛的技艺和完全为病人负责的精神将我从鬼门关拉了回来。”