1949年,钱学森和他的堂兄同时递交的入籍申请,他堂兄很快批下来,但老钱的申请却被移民局拒绝了,并下达驱逐令,理由是提供虚假信息。当时美国国防部和加州理工都支持钱学森,为此聘请了当时纽约最著名的移民律师事务所Cooper & Associates和移民局打了5年官司,竟然最后在联邦法院败诉而执行驱逐令。即便如此,美国军方仍然反对法院判决,并上诉以国家安全为由不准钱离境。钱在漫长的上诉过程中,失去了重要研究项目的background clearance,只能从事一般研究工作,也令他对美国心灰意冷。
至于当时美国移民局为何不顾国防部反对,坚持不懈地要驱逐钱,没有人知道, 公开理由是钱在入籍申请上弄虚作假。这在客观上帮助了中国航天事业发展。钱的堂兄倒一直在波音公司工作,他的堂侄就是后来诺贝尔化学奖获得者钱永健。