对1958年高指标政策造成的后果，与会者在认识上出现了分歧，柯庆施等强调“大跃进”的成绩是主要的，虽然承认出现了一些问题，但并不严重，并认为通过第一次郑州会议以来的工作，问题已经解决。应当鼓足干劲，继续跃进。但党内中下层干部也多有怀疑和埋怨，认为大炼钢铁得不偿失，人民公社搞砸了，党外民主人士多有非议，也被苏联“老大哥”认为是错误的。而在毛泽东看来，这些以及彭的信在挑战“三面红旗，”动摇全党、全国继续跃进的信心。7月22日，柯庆施等人向毛泽东提出“顶住这股风，不然队伍就散了”，认为彭德怀的信是对着总路线和毛泽东的[2]:111。于是，毛借此信，发动了一场反右倾机会主义的斗争，以再次激起人们的“革命干劲”，实现工农业的生产大跃进，从而扳回1958年的败局[9]。
7月23日，毛泽东在全体会上发表长篇讲话，说：现在党内外夹攻我们，彭德怀的信表现了“资产阶级的动摇性”，是向党进攻，是右倾机会主义的反党纲领，称他们“碰了一些钉子，头破血流，忧心如焚，站不住脚，动摇了，站到中间去了。究竟中间偏左偏右，还要分析。重复了一九五六年下半年、一九五七年上半年犯错误的同志的道路。他们不是右派，可是自己把自己抛到右派边缘去了，距右派还有三十公里，因为右派很欢迎这种论调。”毛泽东还提出了解放军跟谁走的问题：“解放军不跟我走，我就组织红军去，另外组织解放军。我看解放军会跟我走。”从此，庐山会议由反左转为反右，开始对彭德怀等人进行批判。[10]:1950-1956
7月26日，会议传达毛泽东的指示：事是人做的，对事也要对人。要划清界线，问题要讲清楚，不能含糊。同一天，会议又印发了毛泽东对李云仲来信[11]的一个很长的批语：“现在党内党外出现了一种新的事物，就是右倾情绪、右倾思想、右倾活动已经增长，大有猖狂进攻之势。”“反右必出‘左’，反‘左’必出右，这是必然性。时然而言，现在是讲这一点的时候了。”[10]:1957-1958在这之后，对彭德怀等人的批判明显升级，批判内容由会议发言转到包括清算“历史旧账”在内的全面揭发与批判.许多人在发言中指责彭德怀等人要在庐山掀起一场斗争，反对“总路线”。彭德怀等人在高压之下不得不在小组会议上检讨[3]:548-549。
7月31日和8月1日，中央政治局常委会召开两整天会议，对彭德怀进行批判。会议认定彭德怀的信是“右倾机会主义”纲领，宣称彭黄张周四人结成反党集团，进行有组织有目的的活动。毛泽东说彭德怀历史上与他“三分合作七分不合作”，从哲学问题上称彭德怀是资产阶级世界观，方法论是经验主义的[4]:380-381；林彪在会议上宣称彭德怀是“伪君子”、“阴谋家”、“野心家”，指责彭德怀“只有毛主席能当大英雄，别人谁也不要想当英雄，你我离得远得很，不要打这个主意”。两次常委会后，毛泽东把列席的黄克诚、周小舟、周惠、李锐留下来，又谈了一阵。说让他们列席会议，是为了受教育，不要再受彭德怀和那封信的影响。毛泽东对争取周小舟看得更重一些[12]。
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