公众最关心的对于 生态环境的影响主要有两个方面： 首先，转基因谷物演变成杂草的可能 性，以及转基因作物向野生种株基因 漂流的可能性。通常野生种群就具有 不同程度的遗传的杂草化特性，转基 因作物的抗虫抗病基因一旦转入则有 可能增加野生作物遗传背景中的杂草 性。杂草化是农业生产中一个需要足 够的管理技术去处理的主要问题。另 外一方面，在野生环境中转 基因作物取代或基因渗入其近缘野生种系 ，可能对环境造成的潜在影响。目前大 家争论的问题就是，转基因漂流入 近缘野生品种是否会导致自然生物遗传 多样性的丧失，或者造成对传统商业 品种的污染和破坏，因而给生态环境带 来长期的影响。
稻田与大量生物间互惠共生形成了稻田 微生物区系，其中包括藻类，微生物， 有益昆虫，有时还包括商业化养殖的小 龙虾等。因此，发展有效的农业技术，以减少杀虫 剂和除草剂的使用，对于维持稻田微生物 区系的生物多态性具有重要作用。通过与 其他物种杂交或基因工程技术导入抗虫害 基因，例如，导入源自苏云金芽孢杆菌 (简称 Bt) 基因的应用，就是一个有效地控制虫害， 同时减少使用农药而减少对作物以及环境 的影响的方法。
下面是一些讨论如 何处理转基因作物向野生作物基因漂流的参 考文献：
- Celis C, Scurrah M, Cowgill S, Chumbiauca S, Green J, Franco J, Main G, Kiezebrink D, Visser RGF & Atkinson HG (2004) Environmental biosafety and transgenic potato in a centre of diversity for this crop. Nature 432:222-225.
- Ming High S, Cohen MB, Yao Shy Q, Altosaar I (2004) Achieving successful deployment of Bt rice. Trends in Plant Science 9:286-292.
- Nap J-P, Metz PLJ, Escaler M, Conner AJ (2003) The release of genetically modified crops into the environment. The Plant Journal 33:1-18.
- Stewart CN Jr, Halfhill MD, Warwick SI (2003) Transgene introgression from genetically modified crops to their wild relatives. Nature Reviews 4:806-817.
