然而，就在华侨被害之际，中共宣布：不承认印尼华侨拥有双重国籍。

然而，最为悲惨的是印尼华侨，他们受到了双重打击。一方面，印尼军方以“清洗”共产党为名，对华侨泛捕滥杀。另一方面，开始实行严厉的“种族歧视”政策，严禁华人参政、办学、办报，对华人进入经济领域实行歧视性限制和税收。印尼政府长期的“种族歧视”，造成了印尼人对华人普遍的憎恨和蔑视。直到今天，印尼华侨仍是印尼极端分子和暴民发泄不满、诉诸暴力的直接对象。还有一件不得不说的事情，在中国印尼关系十分友好的时期，中国政府做出了一个决定，不承认印尼华侨拥有双重国籍，鼓励华侨加入印尼国籍。这个决定对印尼华侨至今仍有巨大影响，使他们在受到迫害时失去了向祖国求援的着力点。