2017 (101)
2018 (52)
2023 (1)
2024 (1)
一种病毒大体可有三种特征：传染性，致病性和抗免疫性能。这三种特性有时候很难分开，因为一种变异可能导致病毒一种特性或者多种特性的变化。如果传染性增加，其他变化不大，其结果就是染病的人多一些。致病性就不一样了。致病性增加，重症患者增多，会让医疗系统不堪重负。新冠的致病性应该主要由它的Ｓ蛋白引起（当然这是笔者的个人看法）理由是注射疫苗后在人体中仅仅生成了Ｓ蛋白，并没有病毒的其他组成成分没，但是人体的反应几乎等同感染了新冠后的许多症状。当然各种症状都很轻，因为Ｓ蛋白的浓度很轻很有限，不像真正的感染，Ｓ蛋白的“供应”源源不断那样。抗免疫性就是现有的抗体对病毒的中和能力下降或者消失。
传染性高有两个表现，第一，少量的病毒（吸入）就会导致感染，第二病毒进入人体后能很快复制自己，因此能在较短的时间内成为传染源。新冠病毒进入人体后, 首先要和人体细胞表面的受体（ACE2）结合。这个结合是动态的，就是说结合后，又会分开，分开后，又会再结合，再分开，这是一个平衡过程。有一个常数（Kd）衡量结合的紧密程度。野生的新冠Kd大约为75nM（呐摩尔）。如果病毒浓度低于75nM，则病毒处于闲散状态。这时，如果人体的免疫系统发达，从身体其他部门兼程赶来的免疫细胞，就会消灭这些外来的入侵者。如果病毒（S蛋白）超过这个浓度，就有一部分病毒和人体细胞的受体结合。和受体结合仅仅是第一步。第二步，病毒要进入细胞，利用人体细胞的复制能力繁殖自己。
新冠病毒的S蛋白有两个单元：S1和S2。S1负责和人体的受体（ACE2）结合，S2 负责在人体细胞表面打洞，当S2打好洞后，在整个病毒颗粒就会进入人体细胞。这两个单元是连接在一起的，只有当S1 和ACE2结合后，病毒就会利用人体细胞表面的剪切酶把S1和S2剪开。据说剪切的快慢会影响的病毒进入细胞的效率。记得去年有印度人在网上登出一篇文章，说是在S1和S2之间有一个插入了的小片段PRRA。因为有了这个小片段，弗林蛋白酶工作的效率会更高。据此，他们称，这个病毒是人造的。为什么有了这个小片段剪切酶的工作效率会增高？Ｒ是精氨酸的代号，它带一个正电荷。当两个精氨酸（正电荷）在一起 蛋白片段就会张开，形成一个环状。如同剪断拉紧了的绳子一样，弗林蛋白酶的工作自然容易得多。
好了，应该说说这个举世闻名的Delta病毒了。这个变种有什么特点？Delta变种有许多点为变异，T19R, G142D, 156del, 157del, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, D950N。前五个在结构区，一般认为对病毒的性质影响不大，因为结构区的变化，很少会影响到Ｓ蛋白和人体细胞表面的受体 (ACE2) 的结合能力。所谓的结构区，也就是搭个架子而已。好像一个人的腿受伤了，不会影响他的坐在键盘前的打字能力一样。
L452R, T478K属于和受体结合区部位，影响比较大。但是也不是特别大的影响，据报道 L452R, T478K两个合在一起，和ACE2的结合常数大约在57nM 左右，相比野生的新冠病毒RBD的结合常数75nM，虽然小了一点，不算很出格。那么Delta病毒的高传染性该怎么解释？ 很可能是由于P681R。前面提到的PRRA中的P就是这个681处的。现在那个能提高弗林蛋白酶工作效率的PRRA就成了RRRA. 同样的道理，如果PRRA能提高剪切酶的效率，没有任何理由怀疑RRRA能进一步提高剪切效率。所以Delta病毒的高效复制就是自然的了。据说原来野生的新冠病毒的潜伏期大约是7-10天左右。现在据说这个Delta病毒的潜伏期缩短为4-5天。可能的原因是病毒进入人体的速度快了，复制的周期缩短了，发病“及时”了。如果以前怀疑PRRA是人为插入的，是否现在要进一步怀疑这个P681R是什么人的“杰作”？ 我看不是，原来的所谓人为插入也是扯淡。
好在虽然Delta病毒具有很高的高传染性，但是现在的主要几个疫苗还管用，虽然保护效率也降低了许多。就是说疫苗所用的抗原和Delta病毒的抗原差别不很大。不像南非的那个beta变种，简直算是“男变女妆”，或者“变性”了，大约有少一半左右的疫苗所产生的抗体 对于beta变种完全无效（认不得了）。此外，beta变种和ACE2 的结合能力更强，而且现有疫苗的效率大大的降低，好在南非那个变种的传染性没有这个delta 厉害。如果将来有一天delta和beta 组成了新的联盟，人类就要抓瞎一段时间了。
谢道长鼓励
如果没有系统地学过热力学，可以参考一下维基，特别是有关平衡常数
https://en.wikipedia.org/wiki/Equilibrium_constant
没必要，我几十年前就从化学热力学的研究生毕业了。
难道，当病毒浓度太低而无法感染，[Virus.ACE2] =0，是因为没有平衡？一定要感染了才平衡？
------------
感染和平衡 是两个概念，平衡是学术意义。和感染没有关系。不平衡也可以感染。感染了也不一定会平衡。
------------------------------
这么说来，热力学包含了动力学？
------ 随你怎么理解。因为你缺乏基本的科学素质，我们不必要再讨论了。
1） 一般化学/生化反应，都把生成物写在右边，而平衡常数应为
K = （生成物活度）/（（反应物1活度）*（反应物2活度）...） = exp(-dG/RT); 这里dG=吉布斯自由能改变，等等。
最重要的是，K是一个无量纲数，表示反应的强度。因此不能颠倒分子分母。
----------------------------
Keq= 1/Kd Keq叫平衡常熟，而Kd叫离解常数. 生化酶反应很多时候用离解常数。
平衡常熟 K 绝大多数时候不是无量纲数，而是有量纲的 例如刚才的Kd就是 mole/L
建议您看看。
https://www.andrew.cmu.edu/course/03-231/LecF05/Lec11/Lec11.pdf
----------------------------
如果没有系统地学过热力学，可以参考一下维基，特别是有关平衡常数
https://en.wikipedia.org/wiki/Equilibrium_constant
2） 即便按作者，反着写:
K = [Virus]*[ACE2]/[Virus?ACE2] 这里把(活度)改成了[浓度]，忽略了伽马等，
那么，当病毒还没“着落”时，[Virus?ACE2] =0，K已经是无穷大了？
------------------------------
当还没有“着落”时，这时候没有平衡，因此热力学不适用。K就没有意义。
------------------------------
难道，当病毒浓度太低而无法感染，[Virus.ACE2] =0，是因为没有平衡？一定要感染了才平衡？
3） 众所周知，热力学只讲平衡态，与时间无关。因此，没有动力学参与，非常容易误导。
------------------------------
热力学谈平衡，与时间无关没。 但是从微观来说，K是动力学的平衡结果。 是当正反应和逆反应相等时候的结果，有时候K可以写成 K== k(f)/k(r) = k(on)/k(off)
------------------------------
这么说来，热力学包含了动力学？
遍野无尘 发表评论于 2021-07-05 14:10:39
虽然用 exp(-dG/RT）计算平衡常数，看起来好像是无量纲，其实结果的量纲是隐含在计算dG的过程中，要看是n个反应物和 m个生成物了。K 的量纲就是m-n。这时因为 平衡常数（K）和反应商（Q）是通过dG过渡的。反应商（Q）的量纲就是平衡常数（K）的量纲。
------------------------------
K的量纲是隐含在计算dG的过程中？
（需要提醒一下，G是状态的函数。。。）
像刚才的Keq 和Kd， 其 dG(eq)= - dG(d) 就可以了，计算的结果不会有问题。
虽然用 exp(-dG/RT）计算平衡常数，看起来好像是无量纲，其实结果的量纲是隐含在计算dG的过程中，要看是n个反应物和 m个生成物了。K 的量纲就是m-n。这时因为 平衡常数（K）和反应商（Q）是通过dG过渡的。反应商（Q）的量纲就是平衡常数（K）的量纲。
1） 一般化学/生化反应，都把生成物写在右边，而平衡常数应为
K = （生成物活度）/（（反应物1活度）*（反应物2活度）...） = exp(-dG/RT); 这里dG=吉布斯自由能改变，等等。
最重要的是，K是一个无量纲数，表示反应的强度。因此不能颠倒分子分母。
--------------------------------
Keq= 1/Kd Keq叫平衡常熟，而Kd叫离解常数. 生化酶反应很多时候用离解常数。
平衡常熟 K 绝大多数时候不是无量纲数，而是有量纲的 例如刚才的Kd就是 mole/L
建议您看看。
https://www.andrew.cmu.edu/course/03-231/LecF05/Lec11/Lec11.pdf
2） 即便按作者，反着写:
K = [Virus]*[ACE2]/[Virus?ACE2] 这里把(活度)改成了[浓度]，忽略了伽马等，
那么，当病毒还没“着落”时，[Virus?ACE2] =0，K已经是无穷大了？
------------------------------
当还没有“着落”时，这时候没有平衡，因此热力学不适用。K就没有意义。
3） 众所周知，热力学只讲平衡态，与时间无关。因此，没有动力学参与，非常容易误导。
-------------------------
热力学谈平衡，与时间无关没。 但是从微观来说，K是动力学的平衡结果。 是当正反应和逆反应相等时候的结果，有时候K可以写成 K== k(f)/k(r) = k(on)/k(off)
1） 一般化学/生化反应，都把生成物写在右边，而平衡常数应为
K = （生成物活度）/（（反应物1活度）*（反应物2活度）...） = exp(-dG/RT); 这里dG=吉布斯自由能改变，等等。
最重要的是，K是一个无量纲数，表示反应的强度。因此不能颠倒分子分母。
2） 即便按作者，反着写:
K = [Virus]*[ACE2]/[Virus?ACE2] 这里把(活度)改成了[浓度]，忽略了伽马等，
那么，当病毒还没“着落”时，[Virus?ACE2] =0，K已经是无穷大了？
3） 众所周知，热力学只讲平衡态，与时间无关。因此，没有动力学参与，非常容易误导。
Kd = [病毒][ACE2] /[病毒.ACE2]。单位是M/升.
Kd 的数值是当有一半的ACE2被占据时，液体中病毒的浓度值。假如人体细胞表面的ACE2只有十个，如果被占据的数目是5，这时候在液体中病毒的浓度就等于Kd。因此75nM 是相对于液体中有大约1M的ACE2而言的。因为ACE2 在人体细胞表面中没有那么多，则病毒的实际数目也不会要达到75nM。热力学的概念是相对强度，而不是要指实际的数目。
Kd是热力学的强度概念 是指S蛋白和ACE2结合强度的大小，也就是off/on 的相对平衡比率。发表的文章大都在这个nM数量级。