形式逻辑认为“内涵是对事物的本质的反映”【2】,“外延是对事物的范围的反映”【3】,“定义是用一个概念明确另一个概念内涵的逻辑方法”【4】。定义的对象是概念(精神原子),人类理性是以概念为单位构建的系统,定义就是概念在系统中的定位,一般用属加种差的方式定义。而对最大类概念则是“最大类概念=全部种概念-全部种差”【5】。精神原子的定位系统是精神原子之和构建的精神旋涡。形式逻辑隐含的前提是,属与种只有归属关系,没有转化联系。并且形式逻辑所谓的本质在旋涡论看来只是精神原子的零虚空,属与种都是原子,既有差别也可以转化。故此,当原子范畴来到形式逻辑面前,形式逻辑的定义方式失效了,它无法定义原子,这反映了本体论与形式逻辑之间的深刻差异。