1950年6月10日，台湾国防部中将参谋次长吴石向大陆提供军事情报一案在台北开庭审判，同案共四人被军事法庭判处死刑，此事轰动了海峡两岸。由于当年与之同时中共台湾的工作委员会四个主要领导人均被捕其中三人叛变，导致台湾的中共地下组织遭到彻底的破坏。按照中国大陆官方和民间各类材料的笼统说法，吴石的被捕是因为原台湾工委书记蔡孝乾的叛变出卖所致。但是本人仔细查讯了台湾各方面的材料，特别是当时负责此案的保密局特勤组上校组长谷正文的回忆，发现吴石案的破获与蔡孝乾被捕后的叛变并无直接关系。研讨历史事件，就是要反正材料对比仔细看。近些年来，中国大陆关于吴石案件的文章大多是基于1950年香港杂志的一篇文章，描述中充满了猜测和推理，很难让人相信其真实性。而台湾保密局的谷正文，是此案的负责人，回忆录又是在案件发生后40多年的1990年代写成，所以本人认为该回忆录具有一定历史价值，至少可以提供一个研究此案的新的视角和参考。
1950年1月1日，台湾国防部保密局的特工人员在台北泉州街26号经过长达2个月的耐心蹲点，终于捕捉到一个台湾共产党的重大嫌疑人“老郑”。保密局虽然捉到了嫌疑人，但当时却从上到下无人知道抓捕到手的人究竟是谁。“老郑”被捕后的最初几天，保密局对他进行“聊天”式的审讯。但是，久经杀场的“老郑”对于审讯人员的问话，总是不着边际地乱兜圈子。开始先抗议保密局的非法逮捕，然后承认自己的共产党员身份并考虑合作，但始终没有说出自己的真实姓名和具体工作，也没有供出其他人。几天后的1月6日，“老郑“突然改变态度，声称愿意与保密局合作带领特工去抓捕共产党联络员。在随特工一同外出时，“老郑“巧妙地利用复杂地形，趁黑夜成功地逃脱。如此重大嫌疑人从保密局手中逃脱震惊了台湾各治安情报机关，为此国防部保密局给负责此案的特勤组长谷正文以记大过二次的严厉处分。
嫌疑人“老郑“虽然逃跑，但保密局的特工们在整理“老郑“私人物品时，仍发现许多线索，例如钞票上记录的电话号码和笔记本上记录的人名。其中最有价值的是笔记本上记有一个叫“吴次长”的人。经过保密局特工的研判，认为最有可能的就是当时国防部中将参谋次长吴石。因为吴石资格老，军阶高，保密局无人敢负责这一案件。当时保密局长毛人凤也是半信半疑，在向蒋介石汇报时，也是仅仅提出这种可能性，据说老蒋听后也不太相信。
除了笔记本以外，”老郑”遗留的文件中还有一张年轻女人照片。特工们经过仔细分析这张照片，判断照片上的女人应该是”老郑”的女人。基于这种判断，特工们假设”老郑“逃脱后必定会设法带这个女人逃离台湾。特工们在没有其他线索的情况下，只好由台湾警务部门协助下采用了撒大网战术：对照所有申请离台人的照片。2月10日特工们终于在一堆已获批的文件中，发现一个叫刘桂麟的女人尚未领取的离境证，而刘桂麟的照片居然与要找的女人非常近似。根据初始申请材料，刘桂麟自称是高参刘永渠之女，申请离台赴舟山群岛。材料里还留着一张托办出境证者的名片：东南长官公署交际科科长聂曦。特工经过调查后发现 (1) 台湾军队中并无高参刘永渠此人; (2) 聂曦曾是吴石在国防部史料局时代的亲信总务组长，来台后由吴安排在东南长官公署任上校交际科长。在传讯聂曦时，聂曦声称出境证是吴次长的妻子王碧奎托办，地址也是由吴太太提供。因为要以随军家属身份办理证件，所以假造了刘永渠这样一个名字。这样，“老郑“笔记本的人名，照片上的女人和假名办理出境证件一事就有了相互关系，而且线索都指向吴石。但仅凭这些线索毕竟还是远远不够破案：(1) 笔记本上的吴次长不一定就是吴石；（2）吴石与"老郑"的女人照片有联系并不等于送军事情报。但是保密局长毛人凤立即向当时的参谋总长周至柔做了详细汇报，周至柔指示毛人凤：搜集证据，做进一步调查。
由于”老郑”逃跑前在一次“聊天“中无意提起另一个人的名字：台湾电力公司总经理刘晋钰。但当时保密局的工作重点是军队人员或与军事有关案件，同时刘晋钰是共产党的证据也不足。所以特工们开始对刘晋钰仅仅是监视，并没有采取行动。“老郑”逃脱后，保密局失去了线索，无奈之下1950年1月底特勤组长谷正文冒充“老郑”的联络员。与刘晋钰取得了“联系“，逮捕了刘晋钰。在特工的诱逼之下，刘晋钰被迫承认自己是共产党员，还供出了最近收到自己留在大陆的孩子写来的一封信，信的内容是要求刘晋钰拉拢周围财经企业界朋友为台湾解放做准备。2月15日保密局负责此案的特勤组长谷正文突然发现审讯一个中的一个巨大漏洞：给刘晋钰带信的人是谁。经过连夜突审，终于得知带信人是个女的，名字叫朱谌之。她以看望女儿和联系生意为名49年11月底从香港来到台湾，现住台北女儿家，经常以”陈太太”为名外出联系生意。
2月17日，保密局特工们直扑朱谌之的女儿陈莲芳的家，但是却扑了一个空：朱谌之似乎已经得知消息，于2月4日离台去了仍在国民党控制下的舟山群岛。由于朱谌来台湾团聚的入台证件是女儿陈莲芳和女婿段承愈所办，所以两人均被拘捕审查。但两人均称对朱谌之参加共产党，长期在上海香港从事情报工作的背景一无所知。经过一番调查后，保密局发现朱谌之赴舟山时乘的是军用交通艇，去舟山的特别通行证乃是吴石的亲信聂曦所办。这样，保密局不但摸清了失踪多日朱谌之的去向，而且线索又再一次指向吴石。
当晚保密局特勤组给保密局浙江站长沈之岳拍发电报，要求舟山方面两日之内将朱谌之逮捕归案。舟山的特工收到电报后，根据陈爱莲和段承愈提供的地址于2月18日将朱谌之逮捕。朱谌之被捕后就坦承自己的共产党员的身份和来台湾的目的，还写下自己参加革命的经过。特工们在朱谌之身上搜出一个记录台北电话号码的火柴盒，经查证就是吴石家的电话。由于线索再次指向吴石，沈之岳不敢怠慢，第二天傍晚，便派出专船将朱押送台湾。根据保密局特勤组长谷正文回忆，朱谌之在途中企图吞黄金首饰自杀。所以他在台北审讯室初次见到朱谌之时她的样子非常虚弱，不时地抱着肚子轻声呻吟。因为担心黃金堕入盲肠后引发盲肠炎致命，审讯完毕后，特工们便把朱谌之带进洗手间给予灌肠，以确保生命无忧。
根据谷正文回忆, 朱谌之对自己来台的目的供认不讳, 但回忆中并没有说朱谌之究竟供出了吴石一案什么具体细节。中国大陆有些文章说：朱谌之承认自己以“陈太太”的化名每次从吴石家取得情报后，都赶到基隆码头, 把到手的情报交到定期往返香港-基隆之间的“安福号”海轮上一个大副手中，而这个大副则正是中共华东局情报部门负责转递情报的特别交通员，重要情报直接交到中南海毛泽东手上。。等等。由于这些细节没有任何出处，感觉更像一些猜测推理和文学化的描述。但是谷正文的回忆录里谈到朱谌之的合作：提供了另外一案中两个女人的名字：国民党台湾省党部副主任李友邦的妻子严秀峯和新竹县长刘启光的妻子屠剑虹。根据朱谌之的口供，保密局立刻抓人。 可能由于朱谌之已知道蔡孝乾从保密局逃脱后曾通知严秀峯和屠剑虹以及其他一些有关人员立刻转移，所以提供了这个“过期情报“。因为屠剑虹及时撤离台湾，保密局没有抓到。而严秀峯峰因为怀孕, 没有及时撤离而被保密局逮捕。严秀峯到案后虽写下自白，后因通匪资匪等各项罪名仍被判15年有期徒刑。
毛人凤立即将有关吴石和朱谌之的材料上报参谋总长周至柔，得到周的允许后，1950年2月27日晚12点，保密局的特工冒充国防部技术总队突袭了吴石的寓所。经过仔细的搜查，没有找到任何证据。但是老练的特工发现吴的妻子王碧奎眼中露出的惊恐和心虚。当夜特工与王碧奎进行了单独谈话，谎称自己是吴石的老部下，为了减免老次长的罪行，希望非军职身份的王碧奎主动多承担些责任。王碧奎终于供出一个从香港来台的”陈太太”，曾多次到家中密访吴石。至于刘桂麟小姐的出境证，王碧奎则供认也是”陈太太”托办，然后王碧奎委托聂曦办理。至此保密局认为：王碧奎与朱谌之的口供全部吻合，可以完全确定吴石是共产党，而且曾经通过联络员朱谌之向大陆送过军事情报。第二天清晨，特勤组长谷正文打电话給毛人凤建议：证据确凿，可以正式逮捕吴石。
1950年3月1日，保密局的特工再次来到吴石寓所，以军事间谍罪名正式逮捕吴石。据特勤组长谷正文回忆，吴从被捕到审讯室一直保持缄默。谷正文告诉吴石，蒋介石尚不知道这件事，不如你写份自白书，或许能以以自首的方式减轻处分。为此吴石写了一份自白书。为了显示自首的诚意，吴石承认了传送情报的的任务，还主动供出了许多其他线索。最后按照谷正文的建议，吴石自称“犯员”，把自白书的署名地点从保密局审讯室改为自己在新生南路的寓所。根据吴石的自白和口供，保密局当天逮捕了前联勤第四兵站中将总监陈宝仓（被捕时无职），东南长官公署交际科上校科长聂曦，东南长官公署第一处中校参谋方克华，东南长官公署第五处中校参谋江爱训，东南长官公署第四处中校参谋林志森，吴石随从副官王正均，国防部作战科上校科长黄德美等十几个军职人员。其中黃德美申诉自己提供军事情报是根据吴石的手令，所以最终被免除起诉，其他人均遭军事法庭判处死刑。
1950年3月20日，“老郑”在台中嘉义县奋起湖再次被保密局抓捕。一个星期后“老郑“叛变，承认自己就是台湾工委书记蔡孝乾，并且发表公开声明愿意与政府合作。由此看来，蔡孝乾第一次被捕非但没有叛变，而且逃脱后通知其他人（如屠剑虹）立刻转移。蔡的叛变投敌是发生在第二次被捕后的一个星期左右，而吴石被捕的时间是50年3月1日，所以这个案件的破获与蔡孝乾的叛变找不出直接关系。
1950年6月10日，由蒋鼎文主持的蒋介石亲自批准的特别军事法庭开庭，吴石和因吴案被捕的朱谌之、陈宝仓，聂曦被判决死刑，当日在台北马场町被枪决处死。其他几名涉案人员后来也被判处死刑或判刑，吴石一案才算落下帷幕。
直到吴石死后20多年的1973年，中国政府追认吴石为革命烈士。
