他反对国党反动派镇压人民,制造内战。解放战争中,他与中共地下党取得联系,越过国民党对解放区的封锁线,到解放区参加人民空军的建设,不久加入中国共产党。
解放后,1956年新中国建立第一个飞机设计室,徐舜寿任设计室主任设计师,后兼任设计室主任。1957年秋,十个刚从北京俄文专科学校毕业的学生,分配到飞机设计室从事设计工作。当时徐舜寿任设计室主任,他在接见并听取新来学员代表介绍情况后,从实际出发,应先熟悉情况,暂不到设计室工作,先到南昌参加安——S飞机俄文版图纸翻译、设计和制图,既可熟悉航空技术,又可帮助工厂将俄文技术图纸翻成中文图纸,一举两利,并为七个刚毕业的学生开了介绍信。据当时参加接见的吴铁民回忆说:“这次参加实际设计与制图,了解飞机生产过程,为我们以后几十年从事飞机设计事业,打下了很好的实践基础。”
1957年反右斗争扩大化,当得知有部分年轻工程技术人员被牵累时,徐舜寿在党的会议上明确地表示,这么多年轻人,有些是刚从大专院校毕业的,或毕业后不到一二年的,成了反党反社会主义的右派分子是须要认真考虑的。认为这些人说话偏激,至多是思想方法问题。坚决反对把一批离校不久的学生划为右派,使飞机设计事业免于瘫痪。设计室在他的带领下,从1958年开始不到两年时间,就设计出中国第一架喷气式教练飞机(歼教1)。而徐舜寿却被认为有“右倾思想”而遭到批判,被彻销党支部委员职务。
设计室在徐舜寿带领下,以后又相继成功地设计出国产活塞式和喷气式教练机、轰炸机和运输机。他曾任中国航空学会第一届理事,第三届全国人大代表,中国航空航天部603研究所副所长,兼总工程师。
1958年大跃进,1959年庐山会议反“右倾机会主义”,全国狂热地追求高速度,使航空工业遭到很大的损失,徐舜寿出于对工作负责,对上级下达脱离我国工业基础实际的飞机设计指标表示忧虑和反对,而被指控为“右倾机会主义”代表人物,受到大会批判,被迫停止了工作。1961年,党终于给他平反。
十年浩劫中,已担任飞机设计所技术所长的徐舜寿,又被打成“反动学术权威”,并戴上“三反分子”帽子。在恶劣的处境下,他依然热爱党,相信党,利用空闲时间,孜孜不倦钻研大量外国有关航空设计的科技书籍。在他的影响下,所内读书蔚然成风,飞机设计理论水平与解决实际工程问题能力迅速提高,培养了一批飞机设计专家,并经过短短几年努力,就设计出高空高速歼击机。而徐舜寿累遭残酷批斗,于1968年被迫害至死,终年51岁。党的十一届三中全会后,平反昭雪。航空界人士都深深怀念他,徐舜寿的名字已列入《当代中国的航空工业》一书的光荣榜,并已编人新中国的《航空人物志》。