1925年孙中山逝世后，中共加紧对国民党的渗透、附体，苏联军事顾问季山嘉竭力拉拢亲共的汪精卫，企图联手推翻掌握军权的蒋中正。
中共对国民党的附体在国民党“二大”达到高峰。1926年1月4日在广州召开的国民党“二大”上，到会代表256人，其中加入了国民党的共产党员代表就占了大约五分之三，各部做实际工作的秘书均为共产党员。同时，各地方党部（国民党党部）大多数由共产党员主持。
北伐开始后，中共在国民革命军经过和占领的地区开展的工农运动，当时湖南农民运动中流行着“有土皆豪，无绅不劣”的口号。有点田产的都是“土豪”，穿长袍马褂者即为“劣绅”，都在斗、打、掠之列。
中共发动的农民运动，从杀猪、出谷、游乡发展到杀头，捕杀“土豪劣绅”的事频频发生，还要把“土豪劣绅”的祖坟挖掉，目的是破坏风水、斩草除根。
影响北伐军军心的不仅是后援问题。李宗仁北伐时任第七军（钢军）军长，他在回忆录中说，工农运动的“过激的作风，早已引起军中官兵的疑虑。到民国16年夏季，两湖军队愤懑的心情，已到无可压抑的境地。因当时中、下级军官多为中、小地主出身。其父母或亲戚在故乡都横遭工会、农会的凌辱，积愤已久，而各级党部竟视若无睹。纵使是革命军第三十五军军长何键的父亲，也被绑游街示众”。（《李宗仁回忆录》，华东师范大学出版社1995年12月版，第349 页）
1927年3月23日，北伐的国民革命军抵达南京，守军张宗昌渡江北逃。
3月24日上午9时起，进入南京之国民革命军第二、第六军（第二军副党代表兼政治部主任李富春，第六军副党代表兼政治部主任林祖涵，共产党员），开始劫掠英美日领事署及外人商店住家，一直持续到下午5时。南京城内和下关的外国领事馆、教堂、学校、商社、医院、外侨住宅均遭到侵犯和洗劫。
在南京事件中，外国侨民死亡人数为英国2人，美、法、日、意各1人。美国受伤3人，英、日各2人受伤，另有英舰“绿宝石”号上的一名英国水兵在江右军发炮还击时阵亡。外国领事馆和侨民财产损失难以计数。中方死伤人数，根据各方面的调查，为死亡36至39人，伤数十人，一说伤数百人。
被激怒的外国列强因此调集了大量军队和军舰集中在上海地区，随时准备对中国进行武装干涉，淞沪地区危机四伏。
英、美、日领事的报告，分别以大量事例证明抢劫领事馆是共产党所主导。英美军舰以此为理由炮击南京，形成国际冲突，是为“南京事件”。在蔡元培、李烈钧等国民党元老举发“共党破坏革命，危害国本之逆谋”后，国民党中央监察委员会决议通过“非常紧急处置案”。
3 月28日，国民党中央监委12名委员中有5名（吴稚晖，蔡元培，张静江，顾英芬，李诗增）在上海召开非正式会议，决议通过吴稚晖起草的《护党救国清党条例》，制定了一份有197人的共产党名单，备送国民党中央执行委员会，要求对他们进行监督。
1927年4月9日蒋介石在上海实行戒严法实行军管，并由淞沪卫戍司令兼戒严司令白崇禧将军执行。蒋介石命令工人纠察队自动缴械，并受驻军白崇禧部监督。
白崇禧立即做出紧急部署，他密令李宗仁桂系第七军（钢军）立即赶回芜湖及江宁镇，以阻止武汉汪精卫方面由唐生智任总指挥的“容共军”沿江东下威胁上海南京；并下令清除在黄埔第一军薛岳、严重两师中的共党赤色分子；再调第一军刘峙第2师、周凤歧第26军跟桂系钢七军共同防卫上海南京地区。白崇禧又令亲共的鲁涤平第2军渡浦口，去抵御北洋奉系军阀张宗昌的“直鲁联军”，并将程潜第六军全部缴械，第六军军长程潜、中共党代表林伯渠潜逃武汉。
1927年4月12日凌晨，在白崇禧亲自指挥部署下，第26军出面收缴武器，因少数武装工人抵抗而被当场击毙25~30人。缴获工人武装3,000支步枪，20挺机枪，600支驳克枪和大量弹药，当天上午已控制全面局势。逮捕的工会领导人及145名共匪随后在龙华被处死。
白崇禧在上海清党行动虽获大捷，然中共并未因此而绝。此后，1927年8月1日，中共周恩来、贺龙、叶挺等人策动北伐国军叛乱，发动南昌暴动；9月毛泽东在湖南发动秋收暴动。12月11日，叶挺、叶剑英发动广州暴动，并成立广州苏维埃伪政府，投靠苏共分裂中国。
自1930年开始，国民革命军被迫抽调兵力先后发动对中共位于江西、湖南的控制区（苏区）进行围剿，前四次未能成功。这些共党暴乱削弱了国民政府的经济和军事实力，为日后日本趁机入侵中国制造了条件。
