机关党委和各部和各机构党委（党组）不要混淆了。

比如中直机关党委，国务院机关党委，就是一个普通过党员过党组生活的一个组织，性质单纯。正如你所说的，它不能指挥总理或部长，两者之间没有从属关系。但是各部都有一个党委，这个是这个机构的最高的正式管理架构。叫党委委员，常委，书记，副书记。在国务院部委直属局的机构里，通常叫党组，党组成员，书记。是各部委的最高领导机构。